Vysoké školy jsou rozpočtové organisace. U vysokých škol, které mají větší počet fakult nebo mají fakulty se složitým provozem, může rektor se souhlasem ministra školství a kultury přenést vyřizování některých hospodářských věcí s vysoké školy na jednotlivé fakulty nebo na zařízení vysoké školy (na př. koleje). Správa a kontrola školského účelového zařízení ( § 13), jež slouží potřebám fakulty, může být takto přenesena na fakulty.

Z důvodů pružnosti a hospodárnosti správy může ministr školství a kultury v dohodě s ministrem financí určit, že jednotlivé organisační složky a jiná zařízení vysoké školy jsou samostatnými rozpočtovými organisacemi.

Rektor řídí a spravuje vysokou školu, odpovídá za její pedagogickou, politicko-výchovnou, vědeckou (uměleckou), kádrovou, správní a hospodářskou činnost, jakož i za správu a provoz školských účelových zařízení, přičleněných k vysoké škole. Rektor zastupuje vysokou školu navenek.

Návrh, aby president republiky jmenoval nebo odvolal rektora, podává vládě ministr školství a kultury po projednání ve vědecké (umělecké) radě vysoké školy a po vyjádření Státního výboru pro vysoké školy, na Slovensku sbor pověřenců na návrh pověřence školství a kultury vypracovaný po projednání ve vědecké (umělecké) radě vysoké školy a po vyjádření Slovenského výboru pro vysoké školy․ Za rektora se navrhuje zpravidla profesor vysoké školy.

Prorektor zastupuje rektora jednak v určitém oboru činnosti, jednak za jeho nepřítomnosti (po dobu dovolené, nemoci a pod.).

Počet prorektorů a jejich působnost na vysoké škole stanoví a prorektory zpravidla z profesorů vysoké školy jmenuje a odvolává ministr školství a kultury po projednání ve vědecké (umělecké) radě vysoké školy a po vyjádření Státního výboru pro vysoké školy. Rektor určuje, který z prorektorů ho zastupuje za jeho nepřítomnosti.

Schůze vědecké (umělecké) rady vysoké školy (dále jen "rada vysoké školy") svolává a řídí rektor, který provádí také její usnesení.

Nesouhlasí-li rektor s usnesením rady vysoké školy, neprovede je, oznámí svůj nesouhlas radě vysoké školy a předloží spornou věc bez prodlení se svým návrhem k rozhodnutí ministru školství a kultury. Toto ustanovení neplatí pro rozhodnutí rady vysoké školy ve věci udělení vědecké hodnosti; pro řízení o udělování vědeckých hodností platí zvláštní předpisy.

Schůzí rady vysoké školy se účastní s hlasem poradním také kvestor vysoké školy.

Rada vysoké školy s větším počtem fakult různého zaměření jedná buď v plenu, jde-li o věci týkající se celé vysoké školy, anebo v sekcích odpovídajících skupinám fakult sdružených podle příbuznosti oborů. Ve sporných případech rozhoduje o tom, kde věc bude projednána, rektor. Počet sekcí a podrobností o nich stanoví organisační statut vysoké školy.

Rektorát vykonává správu vysoké školy včetně správy budov, koleji nebo jiných zařízení vysoké školy.

Rektorát je osobním úřadem zaměstnanců vysoké školy včetně zaměstnanců kolejí a jiných zařízení vysoké školy. Rektor může pověřit vedoucího koleje nebo jiného zařízení vyřizováním některých služebních věcí zaměstnanců kolejí nebo jiného zařízení.

Děkan řídí a spravuje fakultu, odpovídá za její pedagogickou, politicko-výchovnou, vědeckou (uměleckou), kádrovou a správní činnost a zastupuje fakultu navenek. Při přenesení agendy podle § 1 odst. 2 odpovídá děkan v rozsahu agendy takto přenesené i za činnost hospodářskou.

Děkana jmenuje zpravidla z profesorů vysoké školy, kteří působí na fakultě, a odvolává ministr školství a kultury po projednání ve vědecké (umělecké) radě fakulty a v radě vysoké školy a po vyjádření Státního výboru pro vysoké školy.

Proděkan zastupuje děkana jednak v určitém oboru činnosti, jednak za jeho nepřítomnosti.

Počet proděkanů a jejich působnost na fakultě stanoví a proděkany zpravidla z profesorů nebo docentů, kteří působí na fakultě, jmenuje a odvolává ministr školství a kultury po projednání ve vědecké (umělecké) radě fakulty a v radě vysoké školy. Děkan určuje, který z proděkanů ho zastupuje za jeho nepřítomnosti.

Ministr školství a kultury může zmocnit rektora, aby činil opatření, k nimž je podle odstavce 2 příslušný ministr školství a kultury.

Schůze vědecké (umělecké) rady fakulty (dále jen "rada fakulty") svolává a řídí děkan fakulty. Tajemník fakulty se účastní schůzí rady fakulty s hlasem poradním.

Usnesení rady fakulty provádí děkan. Nesouhlasí-li děkan s usnesením rady fakulty, neprovede je, oznámí svůj nesouhlas radě fakulty a předloží spornou věc bez prodlení se svým návrhem k rozhodnutí rektorovi; rektor rozhodne po slyšení rady vysoké školy. Toto ustanovení neplatí pro rozhodnutí rady fakulty ve věci udělení vědecké hodnosti; pro řízení o udělování vědeckých hodností platí zvláštní předpisy.

Jsou-li na fakultě skupiny značně odlišných vědních oborů, může rada fakulty jednat buď v plenu, jde-li o věci týkající se celé fakulty, anebo v sekcích odpovídajících skupinám vědních oborů. Ve sporných případech rozhoduje o tom, kde věc bude projednána, děkan. Počet sekcí a podrobnosti o nich stanoví organisační statut vysoké školy.

Katedra je základní organisační jednotkou pro pedagogickou a vědeckou (uměleckou) práci a pro výchovu vědeckého (uměleckého) dorostu na vysoké škole. Podle potřeby může mít katedra oddělení. Katedry i jejich oddělení zřizuje rektor. Bylo-li oddělení katedry označováno doposud jako ústav, může být tento název ponechán.

Na katedrách působí profesoři, docenti, odborní asistenti, lektoři, asistenti a odborní instruktoři téhož nebo příbuzného oboru zastoupeného na fakultě. Na katedrách mohou také působit externí učitelé, vědecko-výzkumní (umělečtí) pracovníci, kteří nejsou učiteli, po případě také knihovníci, správní a pomocní pracovníci a techničtí a jiní odborní pracovníci. Práce katedry se účastní také vědečtí (umělečtí) aspiranti.

Činnost katedry řídí vedoucí katedry, kterého jmenuje rektor.

Jsou-li na katedře oddělení, je v jejich čele vedoucí oddělení katedry, který odpovídá vedoucímu katedry za práci oddělení. Vedením oddělení katedry pověří některého z učitelů katedry na návrh vedoucího katedry děkan.

Činnost a organisaci kateder upraví podrobněji organisační statut vysoké školy.

V čele kabinetu je vedoucí kabinetu, kterého pověřuje na návrh vedoucího katedry zpravidla z odborných asistentů děkan. Podle rozsahu úkolů kabinetu pověří vedoucí katedry pracemi v kabinetě některé pracovníky katedry, a to zpravidla z odborných asistentů nebo asistentů.

Úkoly kabinetů a podrobnosti o zabezpečení práce kabinetů stanoví směrnice pro činnost kabinetů, které vydá ministr školství a kultury.

Knihovny na vysokých školách zřizuje ministr školství a kultury zpravidla pro jednotlivé fakulty jako ústřední knihovny fakulty nebo pro celou vysokou školu jako ústřední knihovny vysoké školy; výjimečně zřídí knihovnu pro katedru nebo skupinu kateder, je-li to odůvodněno povahou oboru a rozsahem úkolů.

Na přechodnou dobu, než bude možno zřídit ústřední knihovnu fakulty nebo vysoké školy, může ministr školství a kultury zřídit knihovní středisko, které organisuje a provádí knihovnické a bibliograficko-zpravodajské práce pro všechny knihovny fakulty nebo vysoké školy.

Školská účelová zařízení slouží především výuce, praktickému výcviku studentů a vědecko-výzkumné činnosti vysoké školy. Plní také výrobní a dodávkové úkoly, které jim připadají podle příslušných předpisů nebo které pro ně vyplývají ze státního plánu rozvoje národního hospodářství.

Školská účelová zařízení zřizuje ministr školství a kultury v dohodě s ministrem financí a ostatními zúčastněnými členy vlády.

Poměr vysoké školy ke školskému účelovému zařízení, úprava jeho hospodářské činnosti, správa, řízení a ostatní podrobnosti budou stanoveny organisačním statutem vysoké školy a organisačním řádem školského účelového zařízení; organisační řád je součástí organisačního statutu vysoké školy.

Organisace vyšších pedagogických škol bude upravena zvláštními předpisy.

Rovněž zvláštními předpisy bude upravena organisace výchovy vojenských odborníků na civilních vysokých školách.