Ústavní soud se na prvním místě zabýval obecnou námitkou navrhovatelů, podle níž vyvolává zásadní pochybnosti již samo zřízení Ústavu jako státní instituce, jejíž činnost je hrazena ze samostatné kapitoly státního rozpočtu, a kde navrhovatelé poukazují na to, že více veřejných institucí hrazených přímo či nepřímo ze státního rozpočtu plní badatelské úkoly v oblasti historie. V existenci Ústavu spatřují nebezpečí postátnění historického bádání ohledně zákonem vymezených úseků dějin a zpochybňují formulace, jimiž se v zákoně tato období vymezují, neboť se jimi dopředu předjímá, jak má být toto období hodnoceno, čímž je fakticky omezována ústavně zaručená svoboda vědeckého bádání.

Ústavní soud musí předeslat, že samotné zřízení Ústavu nemá žádný ústavněprávní rozměr. Je totiž legitimním právem státu takovou instituci zřídit, a to přesto, že zde již existují jiné instituce, které se obdobnou problematikou zabývají. Nemůže do svých úvah zahrnout otázku účelnosti instituce zřizované zákonem, kterou argumentují navrhovatelé, protože taková úvaha spadá do oblasti politického rozhodování, a pokud by z takové úvahy vycházel, porušil by princip dělby moci.

Ústavněprávní rozměr však má námitka týkající se svobody vědeckého bádání, která je zaručena čl. 15 odst. 2 Listiny. Zákon v ustanovení § 2 vymezuje dvě historická období, která mají být předmětem bádání Ústavu, a sice „dobu nesvobody”, kterou je období od 30. září 1938 do 4. května 1945, a „období komunistické totalitní moci”, což je úsek československých dějin od 25. února 1948 do 29. prosince 1989, a doba, která tomuto časovému úseku předcházela a v níž slovy zákona „probíhaly děje týkající se příprav k totalitnímu uchopení moci Komunistickou stranou Československa”. Podle navrhovatelů toto vymezení již implicitně obsahuje historické hodnocení.

Označení určitého historického úseku dějin názvem vždy předpokládá určité zjednodušení, které však v sobě obsahuje i jistou charakteristiku daného období. Zcela běžně se např. hovoří o období Habsburské nadvlády nebo o období husitských válek. Ze samotného označení historických úseků názvy „doba nesvobody“ a „období komunistické totalitní moci” nelze bez dalšího dovozovat omezení vědeckého bádání ohledně těchto období, neboť se jimi pouze vymezuje časový úsek dějin, který má být předmětem zkoumání.

Navrhovatelé zákonu vytýkají, že používá terminologie, která má význam nejen vědecký, ale také ideologický; konkrétně v preambuli se hovoří o „totalitních a autoritativních režimech 20. století“. Vadí jim, že „dobou nesvobody” je označeno celé období let 1938 až 1945, ačkoliv podle nich byl zásadní rozdíl mezi stále samostatnou republikou a pozdějším Protektorátem Čechy a Morava, a že období od 25. února 1948 do 29. prosince 1989 je označeno jako „období komunistické totalitní moci”, aniž by se bralo v úvahu, že toto období bylo z hlediska způsobu výkonu státní moci proměnlivé.

Zásadním nedostatkem této argumentace navrhovatelů je, že to jsou oni, kteří textu zákona přisuzují smysl, který ve skutečnosti nemá. Uvedená ustanovení nejsou „komplexním hodnocením” v zákoně vymezených historických období, ale jsou jen jejich názvem. Smyslem zákona je vytvořit instituci, která by se teprve měla komplexním hodnocením těchto období zabývat, a to za podmínek, které jsou formulovány v § 4 zákona, kde se výslovně uvádí, že se tak má dít nestranně. Ambicí zákona není, a ani nemůže být, vědecké pojednání o daně době. Jeho účelem je vytvořit státem placenou instituci, která se tímto problémem má zabývat, přičemž důvody pro to jsou vyjádřeny v preambuli zákonů především slovy: „Poznání historických pramenů a dalších svědectví o uvedených režimech a událostech k nim vedoucích umožňuje lépe pochopit důsledky systematického ničení tradičních hodnot evropské civilizace, vědomého porušování lidských práv a svobod, morálního a hospodářského úpadku provázeného justičními zločiny a terorem proti nositelům odlišných názorů, nahrazení fungujícího tržního hospodářství direktivním řízením, destrukcí tradičních principů vlastnického práva, zneužívání výchovy, vzdělávání, vědy a kultury k politickým a ideologickým účelům a bezohledného ničení přírody”. Ze tyto důsledky v uvedených dějinných obdobích nastaly, je objektivně zjištěná skutečnost, která nemá žádný ideologizující nádech.

Námitky navrhovatelů, které směřují ke zrušení zákona jako celku, vyjadřují jejich obavu ze zneužití takto nově vznikající instituce k politickému boji. Takové úvahy jsou na jednu stranu legitimní potud, že každé instituce lze zneužít k jiným účelům, než ke kterým byla zřízena. Právě období, která mají být předmětem bádání Ústavu, jsou mimo jiné zaplněna případy takovýchto zneužití. Na druhé straně však možnost takového zneužití závisí na podmínkách, v nichž má fungovat. Pokud jsou jimi fungující demokracie, ke zneužití nemůže dojít. Obavy navrhovatelů v tomto směru jsou ve své podstatě vyjádřením jejich nedůvěry k demokracii, ačkoliv jako poslanci se na její tváři i uplatňování výraznou měrou podílejí. Je tedy na nich, aby případným pokusům o zneužití Ústavu zabránili. Vlastní rozhodnutí o jeho zřízení je však rozhodnutím politickým, které bylo přijato legitimní většinou Parlamentu, přičemž Ústavní soud není jeho třetí komorou, aby do tohoto procesu vstupoval.

Navrhovatelé zpochybňují ústavnost jednotlivých ustanovení zákona, případně jejich částí. Namítají především jejich rozpor s principy demokratického právního státu zakotvenými v čl. 1 odst. 1 Ústavy České republiky a jejich nesrozumitelnost a z toho vyplývající nepředvídatelnost. Tak v ustanovení 4 písm. e) zákona je použit výraz „nacistické a komunistické zločiny”, který navrhují zrušit. Jde podle nich o ideologizující výraz, který je svou povahou novinářský, a nikoliv právní. Připomínají, že v právní terminologii do roku 1950 šlo o druh trestné činnosti, a není proto jasné, zda pro dobu do tohoto data se má na mysli tento druh trestné činnosti, anebo jde jen o mravní aspekt této činnosti. Toto ustanovení proto neplní úkol, který má mít, totiž právním způsobem vymezovat působnost Ústavu. Za ideologizující považují též výraz „totalitní”, a navrhují jej proto zrušit ve všech jeho různých tvarech v názvu zákona, v nadpisu části první a v nadpisu hlavy druhé, v ustanoveních § 1, § 2 písm. b) a c), § 4 písm. a), b), c) a f), § 13 odst. 1 písm. d), § 13 odst. 2 písm. a), a dále ve všech zákonech vyjmenovaných v bodě 2 petitu návrhu (viz bod 14).

K obdobné námitce zaujal Ústavní soud stanovisko v nálezu Pl. ÚS 19/93, publikovaném pod č. 14/1994 Sb., kterým rozhodoval o návrhu na zrušení zákona č. 198/1993 Sb., o protiprávnosti komunistického režimu a o odporu proti němu. Zde uvedl, že „Ústavní zřízení demokratického státu neupírá Parlamentu právo vyjádřit svou vůli i svá morální a politická stanoviska způsobem, který v rámci obecných právních zásad pokládá za vhodný a přiměřený - a to případně i formou právního zákona, pokládá-li za vhodné a účelné touto právní formou aktu zdůraznit společenský význam a dosah svého prohlášení. Tak tomu bylo např. v zákoně vydaném za první republiky, kterým se konstatovalo, že T. G. Masaryk se zasloužil o stát.”. Zdůraznil, že se tím neformulují žádné nové skutkové podstaty trestných činů. Ani ze znění nyní zkoumaného zákona nic podobného nelze dovodit. Nadto jako generální norma pro posouzení kterýchkoli činů z hlediska jejich trestnosti platí článek 40 odst. 6 Listiny, podle něhož trestnost činu se posuzuje a trest se ukládá podle zákona účinného v době, kdy byl čin spáchán. Lze tedy uzavřít, že v případě posuzovaného zákona jde o morálně a právně politickou proklamaci Parlamentu, které z toho důvodu nelze vytknout, že nepoužívá běžné právní terminologie.

Je-li dále pod bodem F návrhu zpochybňována ústavnost ustanovení 5 odst. 1 zákona, avšak ke zrušení toto ustanovení navrhováno není (navrhuje se zrušit pouze ustanovení § 5 odst. 2 zákona), Ústavní soud se k výhradám směřujícím proti ustanovení 5 odst. 1 zákona nemusí vůbec věcně vyjadřovat. Nad rámec uvedeného nicméně konstatuje, že ani případné zahrnutí uvedeného ustanovení zákona do petitu návrhu by nevedlo k jeho derogaci. Označené ustanovení je pouze doplněním obecné úpravy ochrany osobních údajů obsažené v samostatném zákoně. Námitka „stručnosti” tak nemá nejmenší ústavněprávní opodstatnění.

Dále je navrhováno zrušení ustanovení § 5 odst. 2 zákona, kterým se ukládá všem státním orgánům, organizačním složkám státu, státním příspěvkovým organizacím, orgánům územní samosprávy, příspěvkovým organizacím územních samospráv a jimi spravovaným archivům poskytnout Ústavu bezplatně potřebnou součinnost, pokud jde o archiválie vztahující se k jeho úkolům z období vymezeného zákonem. Navrhovatelé zdůrazňují, že taková povinnost nemá obdoby v případě žádné vědecké instituce zabývající se historickým bádáním, a proto v tomto ustanovení spatřují potvrzení výsadního postavení Ústavu, které umocňuje nebezpečí, že výsledky jeho bádání budou považovány za oficiální.

Předně z uvedeného ustanovení vyplývá, že součinnost se týká pouze předložení vyžádaných dokumentů a Ústav je ze zákona oprávněn na své náklady pořídit jejich kopie. Taková povinnost nepřekračuje podmínky běžné spolupráce státních institucí a územních samospráv. V tom nelze spatřovat žádné porušení ústavně garantovaných práv. Nezavdává ani důvod pro závěr navrhovatelů, že je tím ohrožena svoboda vědeckého bádání. Toto ustanovení nezakládá Ústavu monopol na studium a zpracovávání historických dokumentů rozhodného období. Ty zůstávají přístupny i dalším badatelům zabývajícím se historií této doby, přičemž s výsledky jejich práce budou badatelské výsledky Ústavu konfrontovány. Tímto ustanovením se nezakládá kompetence Ústavu, ale podmínky spolupráce institucí vyjmenovaných v uvedeném zákonném ustanovení při shromažďování archivních dokladů majících vztah k obdobím, které jsou předmětem bádání Ústavu. Tím se ovšem nerozumí všechny doklady uložené v archivech jmenovaných institucí, ale jen takové, které mají již jen historický charakter.

Navrhovatelé dále navrhují zrušit ustanovení § 7 odst. 6 zákona, podle kterého členství v Radě Ústavu je neslučitelné s členstvím v politické straně nebo politickém hnutí. Poukazují na to, že podle čl. 20 odst. 2 Listiny má každý občan právo se sdružovat v politických stranách a hnutích a omezení tohoto práva dovoluje jen v souvislosti s výkonem určitých funkcí, zaměstnání a činností taxativně uvedených v čl. 44 Listiny. Podle nich o žádný takový případ v souvislosti s Radou Ústavu nejde a nejde ani o žádný z případů, pro které Listina dovoluje omezení tohoto základního práva. Z toho činí závěr, že napadeným ustanovením dochází k porušení zákazu diskriminace (č1. 3 odst., 1 Listiny) a k porušení práva podílet se výkonem veřejných funkcí na správě veřejných věcí (čl. 21 odst. 1 a 4 Listiny).

Pro posouzení těchto výhrad je třeba na prvním místě posoudit účel, který je sledován zřízením Ústavu. Ten vyplývá především z preambule zákona, ve které Parlament České republiky prohlašuje, že jej zřizuje při vědomí povinnosti vyrovnat se s následky totalitních a autoritativních režimů 20. století. Podle ustanovení § 3 odst. 2 zákona je Ústav organizační složkou státu, do jejíž činnosti lze zasahovat pouze na základě zákona, a dle odstavce 3 je účetní jednotkou a jeho činnost je hrazena ze samostatné kapitoly státního rozpočtu. Jde tedy o státní organizaci ze zákona nadanou velkou mírou nezávislosti, která je dále umocňována i samostatným financováním ze samostatné kapitoly státního rozpočtu. Rada Ústavu, jak vyplývá z ustanovení 9 odst. 1 zákona, má přitom zásadní vliv na fungování této instituce. Za této situace, kdy naprosto dominující vůlí zákonodárce je v rámci prostředků, jimiž disponuje, dosáhnout maximální nezávislosti této instituce, je naprosto Legitimní stanovit jako podmínku pro členství v ní nestranickost. Předmětem bádání Ústavu je období, které je stále politicky citlivé, a jeho výsledky se mohou dotýkat různých politických stran včetně těch, které jsou v Parlamentu. Ústavní soud v nálezu Pl. ÚS 9/01 (Sbírka nálezů a usnesení Ústavního soudu, svazek 24, nález č. 192, vyhlášen pod č. 35/2002 Sb.), formuloval - i když v poněkud jiné souvislosti - závěr, že demokratický stát, a to nejen v přechodném období po pádu totality, může vázat vstup jednotlivce do státní správy a veřejných služeb a setrvání v nich na splnění určitých předpokladů. Tento závěr je pro posuzovanou věc významný v tom smyslu, že připustil stanovení určitých mezí výkonu základních práv, a to tam, kde jde o ochranu demokracie. Chápeme-li Ústav jako instituci, jejímž posláním, jak je postulováno v preambuli, je ochrana demokracie, pak výše uvedená omezení základních práv pro členství v Radě jsou legitimní.

Navrhovatelé dále navrhují zrušit též ustanovení § 9 odst. 1 písm. a) a písm. h) zákona, jimiž se stanoví, že do působnosti Rady náleží „stanovit metody pro naplňování úkolů Ústavu” a „rozhodovat o odvolání proti rozhodnutí Ústavu”. V pravomoci rady stanovovat metody pro naplňování úkolů Ústavu spatřují reálné nebezpečí zásahů do svobody vědeckého bádání.

K tomu lze říci, že obecně vždy existuje riziko zneužití zákonného ustanovení. Ovšem Rada nemůže při svém rozhodování, kterým bude naplňovat obsah své působnosti, rozhodovat mimo ústavní rámec, který ji mimo jiné zavazuje v čl. 15 odst. 2 Listiny respektovat základní právo na svobodné vědecké bádání. Jen v intencích této ústavní dispozice může Rada uvedenou pravomoc vykonávat.

Pokud jde o rozhodování Rady o odvolání proti rozhodnutí Ústavu, považují navrhovatelé toto ustanovení za normativně prázdné, neboť v zákoně není stanoven případ, že by Ústav autoritativně rozhodoval tak, aby proti jeho rozhodnutí mohlo přicházet v úvahu odvolání jakožto procesní opravný prostředek.

K tomu Ústavní soud poznamenává, že referenčním kritériem pro rozhodnutí o zrušení zákona nebo jeho části je rozpor s Ústavou: Okolnost, že ustanovení zákona je normativně prázdné, nemůže logicky být v rozporu s ničím, tedy ani s Ústavou. Navrhovat zrušení výše uvedených ustanovení nemá žádné ústavněprávní opodstatnění. Zákon navíc kompetence Rady jako odvolacího orgánu zakládá; Rada bude rozhodovat o odvoláních týkajících se odepření informace dle zákona č. 106/1999 Sb. Ústavní soud si také dokáže představit výklad, podle něhož Rada dále rozhoduje v souladu s ustanovením § 9 odst. 1 písm. h) ve vazbě na § 12 odst. 2 zákona např. ve věcech dle § 13 odst. 1 písm. f), g), h) zákona. Ústavní soud ovšem není k přijímání takovýchto výkladových závěrů bez vazby na Ústavu povolán. Bude záležet na praxi obecných soudů, jak vzniklý problém vyřeší.

Dále se navrhuje zrušit ustanovení § 13 odst. 1 písma c), kterým se stanoví pravomoc Archivu kontrolovat výkon spisové služby u Ústavu. Podle navrhovatelů tak vzniká kuriózní situace, kdy podřízená složka kontroluje složku nadřízenou. Tato situace vychází ze stávající úpravy zákona o archivnictví a spisové služby. Podle ní Ministerstvo vnitra řídí Národní archiv a Národní archiv kontroluje výkon spisové služby u Ministerstva vnitra.

Podle navrhovatelů jde o jedno z ustanovení, které se pro svou nejasnost, rozpornost či nepředvídatelnost dostává do rozporu s principy demokratického právního státu. Tyto obavy ovšem přinejmenším relativizuje obdobná stávající úprava zákona o archivnictví a spisové službě, podle níž Ministerstvo vnitra řídí Národní archiv, a Národní archiv, coby složka podřízená, kontroluje výkon spisové služby u Ministerstva vnitra, tedy své složky řídící. Tato právní úprava a z ní pramenící administrativní vztahy je účinná již několik let, a Ústavnímu soudu není známo, že by v praxi působila komplikace ve smyslu své srozumitelnosti, určitosti, předvídatelnosti. Ve své podstatě navrhovatelé zpochybňují pojetí subordinace v předmětném případě. Konkrétní úprava vztahů nadřízenosti a podřízenosti jakožto jednoho z principů organizace veřejné správy je závislá na uvážení zákonodárce. Je na něm, jak jednotlivé subjekty na vertikále subordinace uspořádá, pokud samozřejmě neporuší základní ústavní principy, jako např. princip dělby moci. Nic takového v daném případě zjištěno nebylo. Ustavní soud nepovažuje za absurdní, tím spíše z pohledu ústavněprávního, úpravu, která vykonavatele určité specializované veřejnoprávní agendy pověří kontrolou výkonu této agendy i u subjektu, který tohoto vykonavatele v případě jeho ostatních činností řídí. Za velmi výmluvný příklad Ústavní soud považuje případ policisty, který je sice podřízený policejnímu prezidentovi, ale kontroluje jej, zda dodržuje pravidla bezpečnosti a plynulosti silničního provozu; tedy také jako podřízená složka kontroluje složku nadřízenou. Konečně má Ústavní soud pochybnosti, zda vůbec lze v souvislosti s kontrolou výkonu spisové služby o vztazích nadřízenosti a podřízenosti hovořit. K těmto pochybnostem jej vede obsah ustanovení § 71 odst. 1 zákona o archivnictví, podle kterého je kontrola dodržování povinností na úseku archivnictví a výkonu spisové služby vykonávána podle zvláštního právního předpisu. Tím je zákon č. 552/1991 Sb., o státní kontrole, ve znění pozdějších předpisů. Ustanovení jeho § 3 odst. 2 však za státní kontrolu podle tohoto zákona nepovažuje kontrolu vykonávanou v rámci vztahů nadřízenosti a podřízenosti. Z toho vyplývá, že zákon č. 552/1991 Sb. kontrolu výkonu spisové služby z režimu vztahů nadřízenosti a podřízenosti vyjímá. Podstata námitky navrhovatelů se tak s realitou právní úpravy míjí.

Pokud je dále navrhováno zrušení poslední věty ustanovení § 15 zákona, podle které o odvolání proti rozhodnutí o odepření nahlížení do archiválií rozhoduje ředitel Archivu, není k tomu žádný důvod. Jde o funkční ustanovení upravující režim nahlížení do specifické [ve vztahu k ustanovení § 13 odst. 1 písm. g) zákona] kategorie archiválií, tedy těch, u nichž byl zrušen stupeň utajení. Na přijaté právní úpravě Ústavní soud žádné závady ústavního charakteru neshledal, ostatně navrhovatelé ani žádné konkrétní výhrady nevznesli.

Podle ustanovení § 17 se dnem 1. ledna 2030 stává Archiv součástí Národního archivu. Navrhovatelé navrhují toto ustanovení zrušit, protože je podle nich neúplné, neurčité a nelze předvídat jeho důsledky. Chybí totiž úprava důsledků sloučení archivu s Národním archivem. Taková úprava je podle nich v rozporu s principy demokratického právního státu, na nichž je Česká republika podle čl. 1 odst. 1 Ústavy založena.

Podle vyjádření Poslanecké sněmovny má toto ustanovení pouze deklaratorní povahu a vyjadřuje vůli zákonodárce v uvedeném termínu sloučit oba archivy. Do zákona bylo doplněno při zpracování komplexního pozměňovacího návrhu jako závěr diskuse s odbornou archivářskou obcí. Formulace tohoto ustanovení sice neodpovídají záměru sloučení toliko deklarovat, avšak při absenci podrobné úpravy podmínek sloučení je ani jinak interpretovat nelze. Lze-li je takto interpretovat, pak odpadá stěžejní námitka, že jde o ustanovení neúplné a neurčité, jehož důsledky nelze předvídat.

Navrhováno je rovněž zrušení ustanovení § 19 odst. 1 písm. a), které stanovuje jedno z kritérií spolehlivosti pro zvolení členem Rady Ústavu, pro jmenování ředitelem Ústavu, ředitelem Archivu a vedoucím zaměstnancem Ústavu a Archivu přímo podřízeným řediteli Ústavu nebo Archivu. Za spolehlivého se pro účely tohoto zákona považuje dle § 19 odst. 1 písm. a) ten, kdo v době od 25. února 1948 do 15. února 1990 nebyl členem nebo kandidátem Komunistické strany Československa nebo Komunistické strany Slovenska. Ostatní zaměstnanci Ústavu a Archivu musí splňovat předpoklady podle zákona č. 451/1991 Sb., kterým se stanoví některé další předpoklady pro výkon některých funkcí ve státních orgánech a organizacích České a Slovenské Federativní Republiky, České republiky a Slovenské republiky, ve znění pozdějších předpisů, (tzv. lustrační zákon). Navrhovatelé namítají, že důvodem nespolehlivosti je formální členství v uvedených politických stranách, a vůbec se nepřihlíží k faktickému chování těchto osob. Dále zdůrazňují, že členství v Radě je veřejnou funkcí (§ 10 zákona) a že podle čl. 21 odst. 4 Listiny má každý státní občan právo a možnost se podílet na vedení veřejných záležitostí.

Předně Ústavní soud musí na tomto místě opětovně připomenout, že ve svém nálezu sp. zn. Pl. ÚS 9/01 dovodil, a to i s ohledem na judikaturu Evropského soudu pro lidská práva, že prosazování idey „demokracie schopné se bránit” je legitimním cílem zákonodárství každého demokratického státu, a to v kterékoli fázi jeho vývoje. Na tomto základě pak učinil závěr, že demokratický stát může vázat vstup jednotlivce do státní správy a veřejných služeb na splnění určitých předpokladů. Současně se ale také v citovaném nálezu Ústavní soud jednoznačně vyjádřil v tom smyslu, že „postoje jednotlivce k demokratickému zřízení určuji především jeho reálné činy”. V této souvislosti připomněl zákon č. 198/1993 Sb., o protiprávnosti komunistického režimu a o odporu proti němu, a nález k tomuto zákonu publikovaný pod č. 14/1994 Sb. Citovaný zákon vypočítává zločiny a další srovnatelné skutečnosti, k nimž docházelo na území dnešní České republiky v období let 1948 - 1989, a v operativní části svého textu za ně přisuzuje plnou spoluodpovědnost těm, „kteří komunistický režim prosazovali jako funkcionáři, organizátoři a podněcovatelé v politické i ideologické oblasti V preambuli konstatuje zvláštní odpovědnost předlistopadové KSČ včetně jejího vedení i členů. Je tedy zřejmé, že těsná sounáležitost jednotlivce s předlistopadovým režimem a jeho represivními složkami je skutečností způsobilou působit nepříznivě na důvěryhodnost veřejné funkce, kterou tento jednotlivec v demokratickém státě zastává, neboť komunistický režim byl parlamentem českého demokratického státu označen za „zločinný, nelegitimní a zavrženíhodný I když tento zákon v preambuli zmiňuje i odpovědnost členů předlistopadové KSČ, v normativní části zákona mluví jako o hrozbě pro demokracii o „sounáležitosti jednotlivce s předlistopadovým režimem a jeho represivními složkami”.

Ústavní soud podotýká, že citovaný nález sp. zn. Pl. ÚS 9/01, na jehož závěry nyní navazuje, připouští možnost vázat vstup jednotlivce do státní správy a veřejných služeb na splnění určitých předpokladů. Je na zákonodárci, aby předpoklady stanovil způsobem odpovídajícím účelu, pro který je funkce zřizována. Není přitom vyloučeno, aby kritéria pro různé, byť i sobě velmi blízké funkce, byla při zachování prvků společných v některých specifických podmínkách nastavena odlišně. V tomto směru lze nalézt různé modely, např. soudce v rámci správního soudnictví při přezkumu kárného rozhodnutí proti advokátovi nemá povinnost být pojištěn z odpovědnosti za škodu jako advokát-člen kárného senátu, soudce Nejvyššího správního soudu nemůže být na rozdíl od advokáta-člena kárného senátu - zároveň rozhodcem apod. Zákonodárce při stanovování předpokladů má vždy dbát toho, aby v příslušném oboru státní služby či veřejné služby bylo garantováno jeho řádné a ústavně konformní fungování. Ústavnímu soudu pak nepřísluší vést zákonodárce k tomu, aby unifikoval předpoklady pro výkon různých sobě blízkých funkcí např. tím, že by sjednotil věkovou hranici pro soudce a advokáta-člena kárného senátu či požadavek vzdělání pro soudce a zástupce veřejného ochránce práv. Řešení otázky vhodnosti stanovených kritérií je tak v zásadě též dáno na vůli zákonodárcově. V souzené věci nelze přehlédnout, že v případě Ústavu a Archivu se jedná o instituce, jejichž úkolem je zpracovávat historické prameny a materiály o období, jež stojí při samé „hranici historie”, o tomto období s maximální mírou objektivity informovat s cílem zkoumat, poznávat a hodnotit praktiky totalitních režimů tak, aby i v budoucnu bylo možné včas rozpoznat znaky totalitního režimu a v rámci ochrany demokracie zabránit tornu, aby se totalitní režim vytvořil. Otázka členství v komunistické straně v době od 25. února 1948 do 15. února 1990, či dalších v § 19 odst. 1 zákona vypočtených forem užších vazeb na totalitní režim, není zákonem postavena jako důvod k obecné nespolehlivosti, neboť dikce 19 odst. 1 toliko negativně vymezuje spolehlivost pro účely dané zákonem. Je tak zcela zřejmé, že toto ustanovení nediskvalifikuje a nedehonestuje, a ani nemá diskvalifikovat či dehonestovat toho, kdo není způsobilý ve smyslu § 19 odst. 1 zákona, v jakékoliv jiné sféře, včetně možnosti přístupu k dalším veřejným funkcím. Ústavní soud je toho názoru, že podle obsahu se jedná spíše o formu podjatosti sui generis než o spolehlivost či nespolehlivost nahlíženou toliko zorným úhlem jazykového výkladu. Ústavní soud pak poměřoval proporcionalitu mezi právem na přístup k veřejným funkcím ve smyslu čl. 21 Listiny na jedné straně a principem ochrany demokracie na straně druhé. Dospěl k závěru, že převažuje veřejný zájem spočívající v ochraně demokracie. Dovodil, že sounáležitost osob uvedených v § 19 odst. 1 zákona s totalitním režimem a institucemi v zákoně vyjmenovanými je stále relevantní okolností, jež může zpochybnit politickou loajalitu a poškodit důvěryhodnost institucí, jakými jsou Ústav a Archiv. Jistou analogii lze shledat v institutu podjatosti soudce (i zde se shromažďují důkazy = archivní materiály, důkazy se hodnotí = analyzují se zjištěná fakta, a činí se rozhodnutí = odůvodňují se závěry učiněné z heuristikou získaných informací). Tak jako soudce od nepaměti nemůže být soudcem ve vlastní věci, ten, kdo je činný v oblasti historiografie, a zejména tam, kde se určují a vytvářejí podmínky pro naplnění činnosti Ústavu a Archivu, jež mají zákonem určené postavení nestranných a objektivních institucí, by mohl sám a přeneseně s ním i celé instituce být zpochybňován pro svoji sounáležitost k režimu, o němž mají Ústav a Archiv bádat. Ostatně ten, kdo s režimem sounáležel, se spíše než historikem jeví býti pamětníkem či kronikářem. V daném případě navíc Ústavní soud vzal v úvahu, že objektem bádání je režim, který svoji propagandou a ideologií, za pomoci cenzury a dalších nedemokratických metod pod vedením KSČ [čl. 4 Ústavy Československé socialistické republiky (ústavní zákon č. 100/1960 Sb., ve znění pozdějších předpisů)] záměrně a uměle utvářel svůj obraz a plodil dokumenty, jež se měly stát historickými prameny, takovým způsobem, aby pohled dalších generací na tento režim byl nepravdivý, glorifikující a zastírající jeho totalitní povahu. Byť i by tedy kdokoliv byl třeba krátce např. členem či kandidátem KSČ či KSS, je u něho dán „důvod pochybovat o jeho nepodjatosti”, a důkazy, které by pro i proti této pochybnosti byly vedeny, nelze - právě bez historické analýzy daného režimu - zatím než relativizovat. Ústavní soud si je vědom myšlenky amerického filozofa George Santayany, že „ti, kdo si nejsou vědomi věcí minulých, jsou odsouzeni prožít je znovu”. Pochybnosti o loajalitě by dle Ústavního soudu zpochybňovaly činnost Ústavu a Archivu i pouze tím, že by se jeho činnost nejevila dosti efektivní, rychlá, dostatečným způsobem financovaná či manažersky obratně řízená. Při poměřování intenzity zájmu na ochraně demokracie a zájmu na poznání minulosti oproti právu na přístup k velice úzce vymezené veřejné funkci přicházející v úvahu pro zmenšující se okruh osob Ústavní soud dospěl k tornu, že veřejný zájem na ochraně demokracie je v tuto chvíli, tj. v době jeho rozhodnutí, intenzivnější. V neposlední řadě pak nelze přehlédnout, že napadený § 19 zákona se netýká badatelů pracujících v Ústavu, nýbrž jen členů Rady a vedoucích pracovníků ve smyslu § 18 zákona. Ústavní soud vzal v úvahu, že pro badatele je v Ústavu plně garantována svoboda bádání a že i ten, kdo by neuspěl z důvodu překážky dané v § 19 zákona jako uchazeč o zákonem vymezený okruh funkcí, má možnost věnovat se danému tématu jako interní či externí badatel.

Uvedený výklad tak lze uzavřít konstatováním, že ustanovení § 19 odst. 1 písm. a) zákona není v rozporu s právem garantovaným čl. 21 odst. 4 ve spojení s čl. 4 odst. 3 Listiny.

V případě ustanovení § 21 odst. 1 zákona, které řeší výkon práv a povinností z pracovněprávních vztahů zaměstnanců České republiky dotčených vytvořením Archivu, navrhovatelé zpochybňují jeho ústavnost pro jeho nesrozumitelnost a částečnou neuskutečnitelnost. V ustanovení se totiž hovoří pouze o pracovněprávních vztazích, přičemž předmětem sloučení jsou archivy, kde službu vykonávají příslušníci ozbrojených sborů, kteří jsou ve služebním poměru. Ve vztahu ke státním zaměstnancům pak navrhovatelé vyjadřují své pochybnosti, zda přechod práv a povinností z pracovněprávních vztahů na základě zákona, bez jejich souhlasu, je v souladu s čl. 26 odst. 1 Listiny. Poukazují na to, že má dojít k přechodu z řady různých úřadů pod zcela jiný úřad, který je organizačně zařazen do soustavy státní správy zcela jinak než např. ministerstva, a proto by zaměstnanec např. z ministerstva mohl toto oprávněně vnímat jako dehonestující. Navíc přechod ex lege nastává jen za splnění podmínky spolehlivosti a bezúhonnosti, respektive splnění podmínky stanovené zákonem č. 451/1991 Sb.

Ústavní soud chápe návrhem napadené ustanovení především jako ustanovení na ochranu zaměstnanců. Porušení čl. 26 odst. 1 Listiny nemůže přicházet do úvahy, protože zákon byl vyhlášen dne 12. července 2007 a práva a povinnosti z pracovněprávních vztahů přechází na Archiv až k prvnímu dni sedmého kalendářního měsíce následujícího po dni vyhlášení zákona, tedy k 1. únoru 2008. Každý zaměstnanec měl dostatek času, aby případně využil svého práva a rozvázal pracovní poměr, a nemusel tak přecházet k zaměstnavateli proti své vůli. Pokud jde o otázku příslušníků ozbrojených sborů, je zřejmé, že pokud se v období od 12. července 2007 do 1. února 2008 nestali zaměstnanci v pracovním poměru, zůstávají dále ve služebním poměru k dosavadním zaměstnavatelům. Z vyjádření Poslanecké sněmovny vyplývá, že možnost, aby přešli ze služebního do zaměstnaneckého poměru, jim dána byla.

Při hodnocení napadeného právního předpisu dále Ústavní soud dospěl k závěru, že mezím ústavnosti se vymyká obsah části ustanovení § 7 odst. 9 zákona, podle kterého může Senát odvolat člena Rady, nevykonává-li řádně nebo po dobu delší než šest měsíců svoji funkci, a to ve slovech „řádně nebo” s akcentem na řádný výkon funkce. Ústavní soud zde předesílá, že neopomněl uvážit, zda derogací předmětného ustanovení nepřekračuje rozsah přezkumu vymezený návrhem, jinými slovy, zda dané ustanovení vůbec je způsobilé meritorního přezkumu. Je sice pravda, že navrhovatelé neuvedli ustanovení § 7 odst. 9 zákona ve výčtu těch, která navrhují zrušit alternativně k derogaci celého zákona. Tím nebylo předmětné ustanovení opatřeno ani samostatnou argumentací neústavnosti. Nicméně jedním z nosných důvodů, pro které je navrhováno zrušení zákona jako celku, je i institucionální možnost politického ovlivňování činnosti Ústavu, potažmo tedy zásah do svobody bádání. Předmětné ustanovení z důvodů, jež jsou níže vyloženy, nebezpečí takového polického zasahování do činnosti Ústavu v podobě nezdůvodňovaných, zásahů do složení jeho Rady, tedy orgánu, jenž výzkum metodicky řídí, shledal. V tomto smyslu má Ústavní soud za to, že navrhovatelé břemeno tvrzení protiústavnosti unesli.

Zákonná úprava vědeckého bádání v České republice vychází z ústavních kautel obsažených v č1.15 odst. 2 Listiny a je obsažena zejména v zákoně č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách), ve znění pozdějších předpisů, zákoně č. 283/1992 Sb., o Akademii věd České republiky, ve znění pozdějších předpisů, a zákoně č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu a vývoje), ve znění pozdějších předpisů. Jelikož vědecké bádání je pojmově spojeno s kategorií svobody (viz čl. 15 odst. 2 Listiny), jsou všechny zákonem zřizované vědecké instituce budovány na principu autonomie, samostatnosti a oddělenosti od státní moci. Orgány těchto institucí (vysokých škol, Akademie věd České republiky) jsou tudíž utvářeny vědeckou komunitou (např. u vysokých škol akademickou obcí). V tomto ohledu se vědecký účel Ústavu dostává do rozporu se způsobem kreace jeho nejvyššího orgánu - Rady. Dle § 7 odst. 1 zákona jsou její členové voleni i odvoláváni Senátem Parlamentu České republiky. Za akceptovatelný ještě Ústavní soud považuje způsob volby členů Rady, poněvadž je zde alespoň dána variabilita mezi těmi, kdo kandidáty navrhují, přičemž jde i o subjekty vně politického prostředí. Otázka výběru jednotlivých kandidátu je pak víceméně otázkou politické kultury a vyzrálosti, tedy tím, zda volitelé dokáží od politických aspektů abstrahovat a upřednostnit kritéria odborná. Za neakceptovatelný z hlediska garancí svobodného bádání je však nutno označit způsob odvolávání členů Rady. Senát dle odstavce 9 uvedeného zákonného ustanovení „může odvolat člena Rady, nevykonává-li řádně ... svoji funkci”, což pro odvolání vytváří neomezený prostor. Standardní přitom je, že stanoví-li právní úprava kreování nezávislých institucí (orgánů) nikoli formou samosprávní, nýbrž politickými orgány (jako je tomu v daném případě), je pak jejich nezávislost dána garancemi neodvolatelnosti (v opačném případě, tj. při kumulaci jmenování i odvolávání, je založen vztah subordinace). Výše bylo uvedeno, že členství v Radě je veřejnou funkcí. Podle čl. 21 odst. 4 Listiny mají občané za rovných podmínek přístup k voleným a jiným veřejným funkcím. Ústavní soud již dříve vyložil (viz nález sp. zn. II. ÚS 53/06 ze dne 12. září 2006, publikován na www.judikatura.cz), že čl. 21 odst. 4 Listiny se nevztahuje pouze na přístup k veřejné funkci ve smyslu vzniku funkce, ale zahrnuje i právo na její nerušený výkon včetně práva na ochranu před protiprávním zbavením této funkce, neboť účast na správě věcí veřejných, která je smyslem celého článku 21, se nevyčerpává pouhým získáním funkce, nýbrž logicky trvá po celu dobu výkonu této funkce. Ve vztahu k věci nyní posuzované z toho vyplývá, že členové Rady musí být podle čl. 21 odst. 4 Listiny chráněni před libovůlí státu rovněž v průběhu celého výkonu funkce, tedy i ve vymezení důvodů jejího zániku. Dikce předmětného ustanovení zákona tomu ovšem neodpovídá.

Ústavní soud proto zrušil část ustanovení § 7 odst. 9 zákona ve slovech „řádně nebo”, neboť formulace tohoto důvodu, pro který je založena možnost Senátu odvolávat členy Rady, je v rozporu s ustanovením čl. 15 odst. 2 a čl. 21 odst. 4 Listiny. K derogaci dochází s účinností ke dni vyhlášení nálezu ve Sbírce zákonů.