Výhrada svědomí může mít dvojí podobu: náboženskou nebo světskou, tzv. sekulární. Judikatura ÚS dovodila, že právní ochrany by měly požívat oba druhy výhrad ve stejné míře.
Jednodušší je cesta zákonného zástupce, kterému očkování zakazuje jeho víra či náboženství. V tom případě se bez velkých pochyb jedná o náboženskou výhradu svědomí a správní orgány, včetně soudů, se touto výhradou musejí zabývat na základě výše zmíněných čtyř kritérií. Příkladem může být nedávný rozsudek NSS, ve kterém byla stěžovatelka, resp. její zákonní zástupci, proti očkovací povinnosti z důvodu jejího rozporu s morálním principem Ahimsá (jejich budhistické víry) vyznačujícím se neubližováním či nezraňováním, jež spatřují v tom, že vakcinační látky jsou testovány na zvířatech i lidech.
Složitější je situace u těch zákonných zástupců, kteří své důvody pro neočkování nestavějí na víře či náboženství. Judikaturní zmatek už je jen v tom, co lze pod sekulární výhradu svědomí zahrnout. Jako rodič mohu mít strach z očkování dítěte z mnoha důvodů. Mohu mít obavy z možných nežádoucích účinků, protože jsem slyšela o vztahu očkování a vzniku autismu. Nebo moje starší děti měly po očkování zdravotní komplikace a já u dalšího dítěte nechci, aby to bylo obdobné. Anebo se jen domnívám, že je lepší, když si děti vytvoří imunitu vlastní, a nikoliv imunitu získanou podaným očkováním. Uspěji s těmito výhradami?
Z judikatury výslovně plyne, že obavy z očkování třetího dítěte poté, co dvě starší děti trpěly po očkování zdravotními problémy, nelze podřadit pod tzv. výhradu svědomí. Ta je totiž vymezena pro případy, které mají alespoň nějaký hodnotový náboj, ať již náboženský, nebo sekulární (například filozofický). Rovněž přesvědčení zákonných zástupců o možných negativních následcích povinného očkování nemůže být samo o sobě dostatečným podkladem pro vyvázání se z povinnosti uložené zákonem, a to ani pokud je zastáváno i částí odborné veřejnosti a posíleno profesními zkušenostmi stěžovatelky jako terapeutky pro pomoc dětem a dospělým postiženým autismem.
V některých rozhodnutích NSS či ÚS jsou však obavy z nežádoucích účinků a autismu bez velkého zkoumání posuzovány jako sekulární výhrada svědomí. V bodě 51 nálezu sp. zn. I. ÚS 1253/14 ÚS připustil, že výhrada svědomí může zahrnovat situace spojené s vysoce nežádoucí odezvou předchozí vakcinace u jiného dítěte. Autorka se proto domnívá, že judikatura soudů je v tomto směru nekonzistentní. Zároveň je toho názoru, že filozofický náboj mohou mít i obavy rodičů z nežádoucích účinků, neboť i tento postoj může být součástí určitého světonázoru. Podle autorky je namístě, aby se správní orgány těmito námitkami zabývaly a podrobily je zmíněnému testu. Tak ostatně vyznívá i poslední judikatura, ve které NSS dovodil povinnost zabývat se námitkami žalobkyně, která tvrdila, že očkování je v rozporu s buddhistickým učením a dále že měla pochybnosti o rizikovosti očkování.
Další otázkou je, zda a jak se s výhradou svědomí vypořádají správní orgány, případně soudy.
V případě přestupkového řízení nejsou pochyby, že je třeba se otázkou výhrady svědomí zabývat (pokud byla dostatečně zformulována), neboť se jedná o sankci v pravém smyslu. Naopak u nepřijetí neočkovaných dětí do mateřské školy judikatura prošla určitým vývojem.
Podle již překonané judikatury NSS platilo, že je namístě test oprávněnosti sekulární výhrady svědomí použít pouze tam, kde je očkovací povinnost vůči osobám sankcionována či jinak vynucována, a v důsledku toho pak hrozí zásah do tělesné integrity. Nepřijetí dítěte do mateřské školy v takovém případě není sankcí, a to ani nepřímého charakteru, ale zákonem předpokládaným důsledkem nesplnění podmínek pro přijetí dítěte do mateřské školy, a proto zde není nutné se výhradou svědomí zabývat.
Na rozpor mezi judikaturou NSS a ÚS ve vztahu k posuzování sekulární výhrady svědomí ve sporech o zamítnutí žádosti o přijetí do mateřské školy poukazuje NSS v nedávném rozsudku z 10. 12. 2020, č. j. 9 As 62/2020-33. Zdůraznil, že ÚS již v usnesení z 19. 12. 2017, sp. zn. II. ÚS 3257/17, kritizoval NSS za to, že ve své judikatuře nepřípustně zužuje aplikaci testu oprávněnosti výhrady svědomí ve vztahu k povinnosti podrobit se očkování pouze na případy správního trestání. Výslovně uvedl, že neméně závažné dopady může mít pro dotčeného jednotlivce (či jeho zákonného zástupce) i rozhodnutí o nepřijetí dítěte do mateřské školy.
V nejnovějším nálezu ÚS, který se týkal nepřijetí neočkované dívky do předškolního zařízení, ÚS rovněž výslovně uvedl, že NSS nebyl zbaven povinnosti zabývat se uplatněnou výhradou stěžovatelky toliko proto, že důsledkem nepodrobení se očkovací povinnosti nebylo uplatnění odpovědnosti za přestupek jako odpovědnosti sankční. Jakkoli ÚS nepovažuje ve shodě s nálezem sp. zn. Pl. ÚS 16/14 nepřijetí neočkovaného dítěte k předškolnímu vzdělávání za sankci, nýbrž za akt sociální solidarity nabývající svůj význam teprve s větším množstvím očkovaných, případné dopady podřízení se povinnosti strpět nepřijetí k předškolnímu vzdělávání nelze přehlédnout. ÚS považuje nepřijetí dítěte k předškolnímu vzdělávání v důsledku nerespektování očkovací povinnosti za opatření, jehož důsledky vedou, byť nepřímo, k vynucení očkovací povinnosti.
Lze tedy uzavřít, že ačkoliv dřívější judikatura NSS nepřípustně omezovala aplikaci testu oprávněnosti výhrady svědomí pouze na správní trestání, v souladu s nejnovějším rozsudkem NSS a judikaturou ÚS by se výhrada svědomí měla zkoumat i v případě nepřijetí dítěte do mateřské školy. Správní orgány musejí v souladu s principem proporcionality poměřovat na jedné straně kvalitu a přesvědčivost tvrzení žadatele uplatňující výhradu svědomí vůči maximálně akcentovanému zájmu společnosti na ochraně veřejného zdraví a ochraně zdraví a práv ostatních dětí přijatých ke vzdělávání v mateřské škole. Jinými slovy ve správním trestání je pravděpodobnost úspěchu žalobce odkazujícího na své svědomí vyšší než u nepřijetí do mateřské školy, neboť tam na pomyslné druhé misce vah stojí ochrana zdraví a práv ostatních dětí.
V judikatuře lze jen obtížně nalézt rozhodnutí, ve kterém by soud shledal, že je třeba v tomto konkrétním případě upřednostnit jiné základní právo před povinným očkováním. Výjimkou může být například rozsudek z 25. 10. 2016, č. j. 4 As 114/2016-43, který „v druhém kole“ po zrušení původního rozsudku ÚS připustil, že obavy z autismu mohou převážit nad povinným očkováním. Jednalo se však o správní trestání, přičemž nenaočkované dítě trpělo ještě dalšími zdravotními problémy (které se pro anonymizaci rozsudku nedozvíme) a riziko autismu zde bylo rodiči předkládáno jako vyšší.
Nejčastějším problémem při posuzování oprávněnosti výhrady svědomí podle zmíněného testu je nekonzistentní či nepřesvědčivá výpověď žalobce, který s takovými námitkami přijde až v pozdější fázi řízení. Lze proto jednoznačně doporučit již od počátku řízení trvat na jasně formulovaných důvodech pro neočkování. Naopak zbytečné je podle názoru autorky namítat protiústavnost české právní úpravy nebo její rozpor s mezinárodními smlouvami, rovněž pravděpodobně jako nedůvodné budou vyhodnoceny námitky týkající se vhodnosti právní úpravy, zdravotních rizik a podobně. Tyto otázky jsou již judikaturou dostatečně vypořádány a nelze očekávat výraznější odklon.