Majetkovou podstatu spravuje ministerstvo zemědělství, a to odděleně od ostatního státního majetku.

Náklady správy majetkové podstaty, jakož i osobní a věcné výdaje vzniklé prováděním předpisů o pozemkových reformách, se uhrazují z majetkové podstaty.

Poukazovací právo, pokud jde o majetkovou podstatu, vykonává ministr zemědělství nebo zaměstnanci ministerstva zemědělství jím zmocnění.

Na Slovensku plní úkoly vyplývající ze správy majetkové podstaty pověřenectvo zemědělství, u něhož se zřizuje zvláštní účet.

Hospodaření s majetkovou podstatou podléhá dozoru nejvyššího účetního kontrolního úřadu.

Ministerstvo zemědělství spravuje majetkovou podstatu podle ročního finančního plánu, který tvoří přílohu rozpočtu ministerstva zemědělství.

Finanční plán majetkové podstaty obsahuje veškeré příjmy a výdaje patřící k majetkové podstatě v příslušném plánovacím období včetně výdajů spojených s prováděním pozemkových reforem ( § 2 odst. 2).

Směrnice o službě pokladní, o účtování a bilancování a o formě účetní závěrky majetkové podstaty vydá ministerstvo zemědělství v dohodě s ministerstvem financí.

Účetní závěrku s příslušnými přílohami a zprávou o činnosti zasílá ministerstvo zemědělství ministerstvu financí.