Nákaza novým koronavirem (SARS-CoV-2), který způsobuje nemoc COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019), se v prosinci 2019 rychle rozšířila v čínském městě Wu-chan v čínské provincii Chu-pej a do dalších oblastí v Číně. Do ledna 2020 se ojedinělé případy vyskytly v dalších státech Asie a také na dalších kontinentech, včetně několika členských států EU.

Poté, co byly dne 24. 1. 2020 v EU identifikovány první tři případy, se již dne 27. 1. 2020 konalo mimořádné zasedání Skupiny předsednictví Rady EU a hned následující den se chorvatské předsednictví Rady EU rozhodlo aktivovat Integrovanou politickou reakci na krize (IPCR – Integrated Political Crisis Response), a to v režimu sdílení informací.

IPCR tvoří rámec EU pro koordinaci meziodvětvové reakce na krize, a to na nejvyšší politické úrovni․ Zahrnuje předsednictví Rady EU, Komisi, ESVČ, příslušné agentury, kabinet předsedy Evropské rady, odborníky z členských států a mezinárodní organizace. Aktivované koordinační středisko pro reakci na mimořádné situace v EU od té doby pracuje nepřetržitě a je v neustálém kontaktu s členskými státy. Všechna opatření EU v rámci IPCR probíhají koordinovaně a rovněž v souladu s evropským právem, konkrétně dle prováděcího rozhodnutí Rady (EU) 2018/1993 ze dne 11. 12. 2018 o opatřeních pro integrovanou politickou reakci EU na krize [Úř. věst. L 320, 17. 12. 2018, s. 28]. Na jeho základě již 28. 1. 2020 požádala Francie o pomoc z mechanismu civilní ochrany Unie (UCPM) s cílem poskytnout konzulární podporu při repatriaci občanů EU z Wu-chanu.

Až poté – 30. 1. 2020 – označila WHO epidemii nového koronaviru za ohrožení veřejného zdraví mezinárodního významu a doporučila všem zemím, aby byly připraveny zavést kontrolní opatření, včetně aktivního sledování, včasného odhalení, izolace a řízení případů, vysledování kontaktů a předcházení dalšímu šíření nového koronaviru.

Pokud jde o dalši kroky orgánů EU, dle čl. 17 odst. 2 písm. c) rozhodnutí 1082/2013/EU o vážných přeshraničních zdravotních hrozbách, koordinuje (ve spojení s Komisí) krizovou komunikaci a reakce členských států Výbor pro zdravotní bezpečnost, který se do 7. 2. 2020 sešel šestkrát. Dne 7. 2. 2020 svolalo předsednictví videokonferenci na vysoké úrovni, na níž měly delegace členských států spolu se zástupci Komise a Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) možnost zhodnotit aktuální stav z hlediska veřejného zdraví. Dle zápisu z jednání z výměny názorů vyplynulo, že míra aktivace v rámci vnitrostátních systémů se liší v závislosti na epidemiologické situaci v jednotlivých členských státech, ale také to, že úroveň připravenosti na zvládnutí epidemie koronaviru je vysoká, a to jak v orgánech členských států, tak v orgánech EU. Členské státy ale již tehdy se znepokojením konstatovaly, že mnoho výrobků, jež jsou nezbytné k účinnému zmírňování hrozeb pro veřejné zdraví, jako jsou osobní ochranné prostředky a účinné látky, se dovážejí z Číny. S ohledem na povahu a závažnost uvedených otázek se předsednictví rozhodlo svolat zasedání Rady EPSCO (pro zaměstnanost, sociální politiku, zdraví a ochranu spotřebitele), která se uskutečnila 13. 2. 2020.

Rada EPSCO mj. připomenula, že mezi EU a jejími členskými státy probíhá úzká koordinace a spolupráce v oblasti zdravotní bezpečnosti, a to v souladu s rozhodnutím Evropského parlamentu a Rady č. 1082/2013/EU o vážných přeshraničních zdravotních hrozbách [Úř. věst. L 293, 5. 11. 2013, s. 1] a rozhodnutím Evropského parlamentu a Rady č. 1313/2013/EU o mechanismu civilní ochrany Unie [Úř. věst. L 347, 20. 12. 2013, s. 924]. V poznámce z jednání (6013/20), zaměřené zejména na ochranu veřejného zdraví, Rada mj. vyzvala Komisi, aby v rámci stávajících programů a činností EU aktivovala dostupné mechanismy financování na podporu spolupráce mezi členskými státy v oblasti připravenosti a reakce na zdravotní hrozbu. Komise by měla nadále posuzovat všechny dostupné možnosti, zejména společné zadávání veřejných zakázek, pro usnadnění nezbytného přístupu k osobním ochranným prostředkům potřebným v členských státech s cílem minimalizovat riziko jejich případného nedostatku.

Komise se v první reakci zaměřila na uvolnění potřebných finančních prostředků a již 30. 1. 2020 zveřejnila zvláštní výzvu k vyjádření zájmu na podporu výzkumu viru COVID-19 s rozpočtem 10 mil. EUR. Ve dvoutýdenní lhůtě obdržela 91 návrhů, jejichž hodnocení proběhlo v rekordním čase. Díky jejich vynikající kvalitě Komise současně mobilizovala dodatečné finanční prostředky ve výši 37,5 mil. EUR na naléhavě potřebný výzkum v oblasti vývoje očkovacích látek proti koronaviru, aby bylo možné financovat vyšší počet projektů. Žadatelé byli vyrozuměni již 4. 3. 2020. Kromě toho bylo z programu Horizont 2020 nasměrováno 45 mil. EUR na výzkum pro inovativní léčiva v rámci partnerství veřejného a soukromého sektoru; celkové investice by měly dosáhnout až 90 mil. EUR a celková částka pro financování téměř 140 mil. EUR. Dne 13. 3. 2020 pak Komise v rámci svých kompetencí zveřejnila první legislativní návrhy, kterými reagovala na pandemii COVID-19. Jedná se o návrh nařízení Evropského parlamentu a Rady, kterým se mění nařízení (EHS) č. 95/93 o společných pravidlech pro přidělování letištních časů na letištích Společenství [COM(2020) 111 final], který zmírňuje následky pro letecké dopravce. Dále jde o návrh nařízení Evropského parlamentu a Rady, kterým se mění nařízení Rady (ES) č. 2012/2002 za účelem poskytnutí finanční pomoci členským státům a zemím, se kterými se jedná o přistoupení k Unii, jež jsou vážně postiženy závažným ohrožením veřejného zdraví [COM(2020)114 final]. Jeho účelem je rozšířit oblast působnosti Fondu solidarity EU (EUSF) tak, aby se vztahovala i na závažná ohrožení veřejného zdraví. Další zveřejněné právní předpisy zajišťují maximální flexibilitu při uplatňování pravidel EU týkajících se výdajů tak, aby členské státy mohly při řešení krize počítat s plnou podporou z rozpočtu EU, resp. s použitím strukturálních fondů. Ani jedno legislativní opatření Komise nebylo zpochybněno z důvodu jeho rozporu s právem a zakládajícími Smlouvami EU.

Jelikož v únoru byl hlášen významný nárůst počtu případů nákazy COVID-19 v severní Itálii a případy nakažených osob nahlásilo i několik dalších členských států EU a došlo ke zhoršení situace v mnoha odvětvích (zdravotnictví, konzulární služby, civilní ochrana, hospodářství), předsednictví Rady EU dne 2. 3. 2020 zvýšilo aktivaci mechanismu IPCR na plný režim. Plná aktivace umožňuje vypracovat konkrétní koordinovaná opatření EU v oblasti reakce na krize, a to během jednání u kulatého stolu vedených předsednictvími za účasti Komise, Evropské služby pro vnější činnost, kanceláře předsedy Evropské rady, postižených členských států, příslušných agentur EU a odborníků.

Dne 31. 3. 2020 předsedkyně Komise Ursula von der Leyen vydala prohlášení, v němž zdůraznila, že mimořádná opatření přijatá v reakci na koronavirus nesmí porušovat základní zásady a hodnoty EU: „Evropská unie je založena na hodnotách svobody, demokracie, právního státu a dodržování lidských práv. Tyto hodnoty jsou společné pro nás všechny. Musíme je hájit a bránit, a to i v těchto náročných dobách. Jakákoli nouzová opatření musí být omezena na to, co je nezbytné, a současně musí být přiměřená. Nesmí trvat donekonečna. Vlády navíc musí zajistit, aby opatření podléhala pravidelné kontrole. Komise bude v duchu spolupráce pečlivě sledovat uplatňování nouzových opatření ve všech členských státech. Na této cestě bude hájit evropské hodnoty a lidská práva.“