přenesení správy poplatků za vypouštění odpadních vod do vod povrchových a poplatků za odebrané množství podzemní vody z České inspekce životního prostředí na Státní fond životního prostředí,

zrušení povinnosti znečišťovatelů a odběratelů podávat poplatkové hlášení s vypočtenými zálohami poplatků za vypouštění odpadních vod do vod povrchových a poplatku za odebrané množství podzemní vody včetně povinnosti platit tyto zálohy,

povinný souhlas vodoprávního úřadu podle § 17 VodZ ke stavbám, zařízením nebo činnostem, k nimž není třeba povolení podle vodního zákona, které však mohou ovlivnit vodní poměry ke geologickým pracím spojeným se zásahem do pozemku, jejichž cílem je následné využití průzkumného díla na stavbu k jímání podzemní vody nebo pro vrty pro využívání energetického potenciálu podzemních vod,

zavedení možnosti dotčených orgánů ochrany vod v ČR dvoufázově posoudit, zda posuzovaným záměrem nedojde ke zhoršení stavu dotčeného vodního útvaru; zhoršení či znemožnění dosažení dobrého stavu nebo dobrého ekologického potenciálu útvaru povrchové nebo podzemní vody bude možné pouze na základě výjimky, kterou udělí vodoprávní úřad za stanovených podmínek (dojde tím k implementaci směrnice Evropského parlamentu a Rady 2000/60/ES ze dne 23․ 10. 2000, kterou se stanoví rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky),

umožnění vypouštění odpadních vod do vod podzemních pro soubory staveb tam, kde je tento způsob z hlediska ochrany vod vhodnější než vypouštění do vod povrchových,

povinnost toho, kdo akumuluje odpadní vody v bezodtokové jímce, zajišťovat jejich zneškodňování odvozem na čistírnu odpadních vod a na výzvu vodoprávního úřadu nebo České inspekce životního prostředí předložit doklady o odvozu odpadních vod za období posledních dvou kalendářních let,

umožnění výstavby speciálních servisních zařízení (která kromě přístavů a obslužních lodí budou sloužit k zásobování plavidel pohonnými a provozními hmotami a odstraňování odpadních vod nebo závadných látek z plavidel),

povinnost vodoprávního úřadu mimo aktivní zónu v záplavovém území stanovit podle povodňového nebezpečí nebo povodňového ohrožení opatřením obecné povahy omezující podmínky (nyní pouze možnost podle § 67 odst. 3 VodZ),

úprava sankčních a dozorových ustanovení (zejména odstranění kompetence České inspekce životního prostředí vodoprávně dozorovat fyzické osoby; vodoprávní dozor fyzických osob a řešení přestupků na úrovni vodního zákona bude přenechán vodoprávním úřadům na úrovni obcí s rozšířenou působností).