Vláda dále nařídila ve smyslu § 5 písm. a) až e) a § 6 zákona č. 240/2000 Sb., o krizovém řízení a o změně některých zákonů (krizový zákon), krizová opatření, a uložila předsedovi vlády řídit a koordinovat úkoly spojené s nouzovým stavem. Členům vlády uložila povinnost požádat vládu o předchozí souhlas k opatřením souvisejícím s vyhlášeným nouzovým stavem, která člen vlády nebo jím řízené ministerstvo činí v rámci svých pravomocí, a to před jejich uplatněním. V návaznosti na vyhlášený nouzový stav vláda téhož dne přijala usnesení o krizových opatřeních dotčených ministerstev: Ministerstva vnitra (usn. č. 198), Ministerstva zdravotnictví (usn. č. 199), Ministerstva dopravy (usn. č. 200), Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (usn. č. 201) a Ministerstva zdravotnictví (usn. č. 202). Vláda současně pověřila předsedu vlády informovat neprodleně Poslaneckou sněmovnu o vyhlášení nouzového stavu.

Rozhodnutí vlády o vyhlášení nouzového stavu bylo přijat více než dva týdny po prvním jednání Bezpečností rady státu (BRS), jejíž „rozšířené předsednictvo“ se v souvislosti s koronavirem poprvé sešlo dne 25․ 2. 2020. BRS až do vyhlášení nouzového stavu řešila organizační, koordinační, ale dle oficiálních tiskových zpráv z jednání BRS také rozhodovací činnosti spojené s prohlubující se krizí, související s rozšiřováním koronaviru v ČR. Dne 2. 3. 2020 tak dle oficiální tiskové zprávy BRS mj. „rozhodla“ o konání víkendových závodů Světového poháru v biatlonu v Novém Městě na Moravě bez účasti diváků a „uložila“ ministru zdravotnictví provést příslušná opatření. „Rozhodla“ dále, že všechny vzorky k testování na koronavirus budou odebírány doma a následně budou ve Státním zdravotním ústavu vyhodnocovány. Na jednání dne 4. 3. 2020 BRS mj. „rozhodla“, že zatím není nutné omezovat pořádání hromadných akcí, „rozhodla ale“, že pořadatelé akcí, na nichž se čeká účast vyšší než 5 000 osob, budou muset jejich pořádání nahlásit příslušné krajské hygienické stanici. Dne 6. 3. se shodli „členové vlády s hejtmany“, že všichni čeští občané, kteří se vracejí z pobytu v Itálii, budou muset strávit dva týdny po návratu v karanténě. Podpořili tím Mimořádné opatření, které dne 7. 3. 2020 vydalo Ministerstvo zdravotnictví, a nařídilo uvedený postup podle § 69 odst. 1 písm. i) a odst. 2 zákona č. 258/2000 Sb., k ochraně obyvatelstva. Mimořádné opatřeni bylo vydáno „v návaznosti na jednání“ krizového štábu na Ministerstvu zdravotnictví, na němž se sešli „vrcholní představitelé vlády, Policie ČR, Generálního ředitelství cel, Hasičského záchranného sboru a orgánů ochrany veřejného zdraví“. „Na základě“ dalšího „mimořádného jednání“ BRS, které se uskutečnilo dne 9. 3. 2020, Ministerstvo zdravotnictví vyhlásilo s platností od 10. 3. 2020 Mimořádné opatření pro všechny poskytovatele zdravotních služeb lůžkové péče. Po jednání rozšířeného předsednictva BRS dne 10. 3. 2020 ministr zdravotnictví rozhodl o dalších mimořádných opatřeních: a) o zákazu uměleckých představení, sportovních, kulturních, náboženských, spolkových, tanečních, tradičních a jim podobných akcí a jiných shromáždění, výstav, slavností, poutí, ochutnávek, trhů a veletrhů, a to jak veřejných, tak soukromých s účastí přesahující ve stejný čas 100 osob; b) o zákazu osobní přítomnosti žáků a studentů na základním, středním a vyšším odborném vzdělávání ve školách a školních zařízeních podle zákona č. 561/2004 Sb., o předškolním, základním, středním, vyšším, odborném a jiném vzdělávání, školský zákon, o zákazu osobní přítomnosti studentů na studiu na vysoké škole podle zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů.

Jednání BRS (která od 25. 2. 2020 fakticky koordinovala a řídila opatření v souvislosti s epidemií koronaviru) dne 10. 3. 2020 bylo současně posledním v řadě. Počínaje 11. 3. 2020 rozhodovala o všech opatřeních již vláda, která je ústavním orgánem pro vydávání příslušných opatření, včetně opatření omezujících občanská práva a svobody, resp. jimi může pověřit kompetenčně příslušné ministry. Dle čl. 9 odst. 2 ústavního zákona č. 110/1998 Sb., o bezpečnosti České republiky, BRS jedná toliko v rozsahu pověření, které jí stanovila vláda, a připravuje pro vládu návrhy opatření k zajišťování bezpečnosti ČR. Podle čl. 2 odst. 1 Statutu BRS koordinuje a vyhodnocuje problematiku bezpečnosti ČR a připravuje vládě návrhy opatření k jejímu zajišťování. Z přijatých usnesení vlády nevyplývá, že by BRS byla ke svému jednání pověřena vládou, a pokud „rozhodovala“, tak mimo rámec ústavního zákona č. 110/1998 Sb.

Dne 15. 3. 2020 přijala vláda usnesení (č. 213), kterým změnila přílohu usnesení vlády ze dne 24. 11. 2008 (č. 1500), ke Statutu Ústředního krizového štábu (ÚKŠ), ve znění usnesení vlády ze dne 13. 1. 2020 (č. 43), a premiér dle čl. 3 Statutu rozhodl o aktivaci ÚKŠ. Zásadní změna Statutu se dle přílohy usnesení vlády (č. 213) týkala čl. 4 odst. 2 Statutu, podle něhož (v původním znění) předsedou ÚKŠ jmenuje předseda vlády podle charakteru situace buď: a) ministra vnitra, nebo b) ministra obrany. Podle nového znění (dle přílohy usn. č. 213) předsedou ÚKŠ jmenuje předseda vlády podle charakteru situace některého z členů vlády nebo členů ÚKŠ. Premiér následně rozhodl o jmenování předsedou ÚKŠ náměstka ministra zdravotnictví. Dle § 4 odst. 8 zákona č. 239/2000 Sb., o integrovaném záchranném systému a o změně dalších zákonů o provádění záchranných a likvidačních prací za nouzového stavu, se složky integrovaného záchranného systému řídí pokyny Ministerstva vnitra, jehož ministr však dle změněného statutu není ani členem ÚKŠ, jehož předseda z pozice náměstka nemůže pověřovat úkoly ministra vnitra. Následující opatření krizového štábu Ministerstva vnitra a Ministerstva zdravotnictví naznačují vícekolejnost řízení, což je obzvlášť nebezpečné v době vyhlášeného nouzového stavu.

Senát v reakci na posouzení právního základu postupu vlády projednal dne 18. 3. 2020 nelegislativní bod pod názvem „Aktuální situace v České republice v souvislosti s vyhlášením nouzového stavu“, a přijal usnesení, v němž mj. konstatuje, že „předseda vlády ČR oddaloval nasazení zákonných standardních mechanismů krizového řízení a nepostupoval v souladu s právním řádem ČR, zejména se zákonem č. 240/2000 Sb., tím, že včas nesvolal ústřední krizový štáb“, a vyzval vládu, aby mj. „postupovala v souladu se zákonem č. 240/2000 Sb., a dále aby zřídila systém celostátní strategické krizové komunikace“.

Již 17. 3. 2020 advokátní kancelář David Zahumenský podala k Městskému soudu v Praze návrh na zrušení opatření obecné povahy (sp. zn. 10 A 35/2020): a) usnesení vlády ČR ze dne 12. 3. 2020 č. 194 o vyhlášení nouzového stavu; b) usnesení vlády ČR ze dne 14. 3. 2020 č. 211 o přijetí krizového opatření, a c) usnesení vlády ČR ze dne 15. 3. 2020 č. 194 o přijetí krizového opatření – Mimořádné opatření Ministerstva zdravotnictví ČR ze dne 10. 3. 2020 o zákazu osobní přítomnosti žáků a studentů na základním, středním a vyšším odborném vzdělávání. Navrhovatel namítá protizákonnost předmětných opatření vlády. Kritiku procesního postupu vlády vyslovil v médiích i místopředseda ČAK Tomáš Sokol, podle něhož měla vláda při vyhlášení nouzového stavu rovnou sdělit, která práva občanů omezí, a neoznamovat jednotlivé restrikce až posléze. „Podle zákona, pokud ta pravidla nejsou splněna, Poslanecká sněmovna by měla nouzový stav zrušit; pokud ne, tak vyhlášení nouzového stavu je nulitní,“ konstatoval T. Sokol.