Na rozdíl od krizových opatření vlády, jež mají povahu právního předpisu sui generis, panuje vcelku obecná shoda na tom, že mimořádná opatření Ministerstva zdravotnictví jsou „opatřeními obecné povahy“, a to i v situaci, kdy jsou obsahově téměř totožná s krizovými opatřeními vlády. Opatření obecné povahy je právním nástrojem, který leží na pomezí normativního právního aktu a aktu aplikace práva. Je totiž konkrétní ve svém předmětu, ale směřuje k obecně vymezenému okruhu adresátů (obdobně jako např. dopravní značka nebo územní plán obce). I zásadní rozhodnutí Městského soudu v Praze kvalifikuje shodně se zákonem o ochraně veřejného zdraví mimořádná opatření jako opatření obecné povahy a výslovně zároveň vylučuje, že by se jednalo o správní rozhodnutí.
Bez zajímavosti není ani závěr Ústavního soudu ve vztahu k mimořádným opatřením Ministerstva zdravotnictví, podle kterého jde o případ, kdy zákon o ochraně veřejného zdraví jasně stanoví formu opatření obecné povahy, kterou nelze bez dalšího „prolomit“. Na první pohled se může zdát, že tím ÚS vyslovil stejný závěr – o „propůjčení“ právní formy opatření obecné povahy pro všechna mimořádná opatření – jako před ním MS v Praze. ÚS ale hodnotil povahu mimořádných opatření pouze z hlediska možnosti jejich soudního přezkumu. Mimořádná opatření vydaná jako opatření obecné povahy mají být tedy soudně přezkoumávána v řízení o návrhu na zrušení opatření obecné povahy (ÚS k jinému závěru nenašel žádný důvod), aniž by tím ale bylo současně vyloučeno, aby v takovém řízení soudy dospěly k závěru, že z hlediska materiálního posouzení o opatření obecné povahy nejde, neboť taková forma neodpovídá obsahu těchto mimořádných opatření a není jim ani zákonem propůjčena (což by znamenalo jejich nezákonnost).
Zatímco krizový zákon, na jehož základě vláda vydává krizová opatření, obsahuje přímo speciální odškodňovací ustanovení, zákon o ochraně veřejného zdraví, na jehož základě přijímá svá opatření ministerstvo, žádné takové ustanovení neobsahuje a je možno zvažovat buď použití zákona o odpovědnosti za škodu nebo v širší interpretaci i krizového zákona.
Právě charakter ministerských opatření, jakožto opatření obecné povahy, je klíčový pro určení možné aplikace zákona o odpovědnosti za škodu v situaci, kdy některá z těchto opatření byla zrušena pro nezákonnost dubnovým rozhodnutím MS v Praze. První otázku, zda zrušené opatření obecné povahy může být považováno za „nezákonné rozhodnutí“ ve smyslu § 7 a násl. OdpŠk, je možno (i přes výkladové pochybnosti) zodpovědět kladně. Pojem „nezákonné rozhodnutí“ je totiž vykládán v režimu zákona o odpovědnosti za škodu zcela autonomně. Např. komentář k tomuto zákonu uvádí, že zákon reflektuje pouze škodu způsobenou při výkonu veřejné moci rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem, čímž znemožňuje náhradu škody způsobené při výkonu veřejné moci jiným způsobem. Mezi nové instituty, které přinesl nový správní řád, patří především veřejnoprávní smlouvy, opatření obecné povahy a některé jiné úkony správního orgánu. Je nesporné, že rovněž za škodu způsobenou na základě těchto institutů by měl stát nebo územní samosprávné celky odpovídat. Veřejnoprávní smlouvy a opatření obecné povahy se výslovně podřazují pod režim rozhodnutí, takže po procesní stránce se bude v případě náhrady škody způsobené těmito instituty postupovat tak, jako by šlo o nezákonné rozhodnutí.
Přesto ale nelze jednoznačně přisvědčit nabízejícímu se závěru, který uvádí J. Wintr a obdobně i řada dalších, že pozice např. živnostníků, kteří by chtěli žádat náhradu škody, se rozhodnutím MS v Praze posílila, a pokud toto rozhodnutí nezruší NSS, je skutečně dána jedna podmínka pro náhradu škody, a to je právě nezákonné rozhodnutí.
Dokonce tomu paradoxně může být právě naopak. Problém může totiž spočívat v otázce aktivní legitimace účastníků řízení o náhradě škody. NSS ve své judikatuře dovozuje, že § 7 OdpŠk není samoúčelný, ale reflektuje skutečnost, že mezi státem a osobami, jež nejsou ve smyslu cit. ustanovení účastníky řízení, ve kterém bylo vydáno nezákonné rozhodnutí, není dán veřejnoprávní vztah. Škoda při výkonu veřejné moci přitom vzniká z veřejnoprávního vztahu. Judikatura je zde ustálena v závěru, že má-li být osoba aktivně legitimována k náhradě škody za nezákonné rozhodnutí dle zákona o odpovědnosti za škodu, musí se v řízení rozhodovat o jejích právech a povinnostech, a musí zde tedy existovat veřejnoprávní vztah. V případě obecných opatření ministerstva směřujících k neurčitému okruhu adresátů to splněno není. Tak by tomu bylo až v případě, když by byl na základě mimořádného opatření vydán individuální správní akt (např. rozhodnutí o přestupku).
F. Melzer se uvedený problém snaží překlenout použitím analogie s § 20 odst. 2 OdpŠk, dle kterého bylo-li nezákonné rozhodnutí územním celkem v samostatné působnosti vydáno postupem, který není stanoven předpisy o správním řízení, má právo na náhradu škody ten, komu tímto rozhodnutím vznikla. Pro aktivní legitimaci zde postačuje vznik škody bez ohledu na účastenství v řízení. Cit. ustanovení se však vztahuje výlučně k odpovědnosti územních samosprávných celků a jeho použití ve vztahu k ministerským opatřením je přinejmenším komplikované.
Jiným interpretačním řešením by bylo využití vztahu speciálního krizového zákona vůči zákonu o ochraně veřejného zdraví deklarovaného MS v Praze. Na základě toho by bylo možno dospět až ke konstrukci, že režim náhrady škody podle § 36 KrizZ přilehá na jakékoliv období vyhlášeného nouzového stavu, nehledě na právní titul a metodu vydávání mimořádných opatření. Tomu by napomáhal i variační dovětek v § 97 VeřZdr, dle něhož náklady vzniklé plněním zákonné povinnosti nese osoba, které je povinnost uložena, pokud tento zákon nebo zvláštní právní předpisy nestanoví jinak. A „jinak“ stanoví v době nouzového stavu právě krizový zákon.
V případě přijetí poslední interpretační možnosti by však bylo pro poškozené výhodnější, pokud by NSS rozsudek MS v Praze zrušil, protože pro uplatnění nároku dle krizového zákona je předpokladem přijetí krizového opatření v souladu se zákonem.