Ústavní stížností sp. zn. II. ÚS 431/11 (zatím nevyřízeno) se stěžovatel domáhal zrušení rozsudku Nejvyššího správního soudu a Krajského soudu v Plzni pro tvrzený zásah do základního práva na soudní ochranu garantovaného čl. 36 odst. 1 a 2 Listiny základních práv a svobod (dále jen „Listina").

U stěžovatele jako daňového subjektu byla zahájena finančním úřadem daňová kontrola k prověření daňového základu a daně ve smyslu § 16 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, protokolem ze dne 10. 5. 2006, přičemž daňová kontrola nebyla v protokolu nijak zdůvodněna (ze spisového materiálu vyplývá, že podnětem pro zahájení daňové kontroly byl významný pokles výkonnosti daňového subjektu, promítající se do výše daně). Dne 24. 10. 2008 podal stěžovatel žalobu proti rozhodnutí finančního úřadu, v níž zpochybňoval doručení výzvy správce daně k projednání výsledků daňové kontroly a zprávy o daňové kontrole. Dne 10. 8. 2009 ve „vyjádření žalobce" vznesl stěžovatel [s odkazem na závěry nálezu sp. zn. I. ÚS 1835/07 ze dne 18. 11. 2008 (N 196/51 SbNU 375)] námitku stran nezákonnosti provedené daňové kontroly, neboť mu při zahájení ani v dalším průběhu nebyl sdělen její důvod. Žaloba byla krajským soudem zamítnuta, neboť námitka týkající se doručování nebyla shledána důvodnou a námitka stran nezákonnosti daňové kontroly byla považována za uplatněnou po lhůtě podle § 71 odst. 2 věty třetí soudního řádu správního, a proto sejí krajský soud nezabýval. Kasační stížnost byla zamítnuta napadeným rozsudkem Nejvyššího správního soudu, který se ztotožnil se závěry krajského soudu učiněnými jak ve vztahu k doručování písemností (stěžovateli se nepodařilo doručení zpochybnit), tak ve vztahu k opožděnému uplatnění námitky nezákonnosti daňové kontroly (nejednalo se o námitku, k níž by musel soud přihlížet z úřední povinnosti). Nad rámec Nejvyšší správní soud uvedl důvody, proč se lze dle jeho názoru odchýlit od právního názoru vyjádřeného v nálezu Ústavního soudu, a odkázal na rozsudky č. j. 2 Aps 2/2009-52 a č. j. 8 Afs 46/2009-46.

Nálezem sp. zn. I. ÚS 1835/07 ze dne 18. 11. 2008 (N 196/51 SbNU 375) byl zrušen rozsudek Nej vyššího správního soudu pro nerespektování principů garantovaných čl. 2 odst. 2 Listiny a čl. 4 Ústavy České republiky (dále jen „Ústava"), čímž bylo porušeno základní právo stěžovatele garantované čl. 11 odst. 1 Listiny. Ústavní soud dospěl k závěru, že v projednávané věci byla stěžovateli neústavním způsobem stanovena daňová povinnost (v důsledku šikanózní daňové kontroly) zatěžující jeho majetek, a došlo tak v konečném důsledku k porušení jeho vlastnického práva, které požívá ústavní ochrany podle čl. 11 odst. 1 Listiny. Pokud správní soudy, na které se stěžovatel obrátil s žalobou, resp. kasační stížností, takový postup správce daně akceptovaly, pokračovaly v porušení stěžovatelových základních práv, a tedy nedostály své povinnosti poskytovat jednotlivci ochranu práv (čl. 90 Ústavy), resp. základních práv (čl. 4 Ústavy).

Ústavní soud přijal i obecné závěry týkající se daňové kontroly prováděné ve smyslu § 16 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, přičemž konstatoval, že „má-li však daňová kontrola být skutečně úkonem ve smyslu § 47 odst. 2 zákona o správě daní a poplatků, je nezbytné ji vázat na existenci jednoznačně formulovaných důvodů pro její použití. V podmínkách materiálního právního státu je nezbytné trvat na požadavku, aby omezení či narušení autonomní sféry jednotlivce daňovou kontrolou mělo jasný a předem seznatelný důvod legitimující použití takového omezení, a takový důvod musí spočívat v konkrétních skutečnostech. Takovým důvodem nemůže být obecně formulovaný zájem státu na výběru daní, který je účelem zákona o správě daní a poplatků, nýbrž musí existovat konkrétními skutečnostmi podložené podezření, že konkrétní daňový subjekt, u něhož je daňová kontrola zahajována, zřejmě svou daňovou povinnost nesplnil nebo splnil, avšak v míře menší, než by měl. Šlo by o realizaci svévole, pokud by správce daně mohl provádět daňovou kontrolu kdykoliv a bezdůvodně u libovolných daňových subjektů, respektive v případech, kdy sám uzná za vhodné".

K nálezu bylo zaujato odlišné stanovisko soudkyní Ivanou Janů vycházející zejména z odlišení daňové kontroly podle § 16 odst. 1 a vytýkacího řízení podle § 43 odst. 1 zákona o správě daní a poplatků, přičemž nález stírá rozdíly mezi oběma instituty a požadavky kladené na vytýkací řízení vztahuje nesprávně i na daňovou kontrolu. Daňová kontrola slouží ke zjištění nebo prověření daňového základu nebo jiných okolností rozhodných pro správné stanovení daně. Zjištění nebo prověření rozhodných okolností přitom vůbec neznamená, že správce daně má podezření o zkrácení daňové povinnosti; může jít o nahodilé prověření toho, zda daň byla stanovena správně, či nikoliv. Předpokladem daňové kontroly není existence pochybností o správném stanovení daně; jde pouze o zjištění nebo prověření toho, zda byla stanovena správně. Vzhledem k tomu, že zákonným předpokladem daňové kontroly není existence pochybností o správnosti stanovení daně, nelze po správci daně ani požadovat, aby v protokolu o zahájení daňové kontroly jakékoliv pochybnosti uváděl. Možnost takové kontroly je přitom nutno chápat v souvislosti s celkovou koncepcí daňového řízení, jež je založeno na tom, že je to daňový subjekt, kdo daň sám přiznává. Proto také musí správce daně být oprávněn v rámci daňové kontroly prověřit, zda daňový subjekt sám svou daň stanovil správně, či nikoliv. Přitom je nutno si uvědomit, že je prakticky nereálné, aby každé daňové přiznání bylo ihned prověřeno; i z tohoto hlediska lze bezpochyby usuzovat, že nahodilá daňová kontrola ve veřejném zájmu přispívá k řádnému daňovému odvodu, a tím i k naplnění příjmů státního rozpočtu (§ 1 zákona o správě daní a poplatků), ze kterého jsou financovány potřeby sociálního státu, jímž Česká republika jako právní a demokratický stát ve své podstatě nepochybně je (i když se takto explicitně v Ústavě nedeklaruje). Ve stejném pohledu je nutno vyvažovat i „svobodnou sféru jednotlivce", kterou většinové stanovisko správně zmiňuje, s „veřejným zájmem" na shromáždění dostatečných prostředků nutných k přerozdělování v rámci solidarity se sociálně potřebnými, jakož i k financování dalších potřebných funkcí státu.

II. senát Ústavního soudu se většinově neztotožnil s obecně formulovanými právními závěry přijatými I. senátem ve věci sp. zn. I. ÚS 1835/07 a akceptoval názory vyslovené v odlišném stanovisku soudkyně Ivany Janů (uvedené v bodu 5), na něž II. senát v návrhu stanoviska pléna odkázal. Plénum Ústavního soudu návrh II. senátu na přijetí stanoviska přijalo.

K otázce střetu zájmů na stanovení a výběru daní a na ochraně autonomní sféry jednotlivce se Ústavní soud vyjádřil ve své předchozí judikatuře, v níž dovodil, že se „daňové řízení a jednotlivá dílčí oprávnění svěřená správci daně v průběhu daňového řízení ocitají mezi veřejným zájmem na stanovení a výběru daní na straně jedné a ochranou autonomní sféry jednotlivce na straně druhé. Tento ústavněprávní rozměr má ostatně svůj odraz přímo v normách jednoduchého práva, a to v § 2 odst. 1 daňového řádu (pozn. red.: zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků), podle něhož jednají správci daně v řízení o daních tak, že chrání zájmy státu, avšak dbají přitom na zachování práv a právem chráněných zájmů daňových subjektů a ostatních osob zúčastněných na daňovém řízení. Je přesto povinností správce daně při uplatňování jednotlivých procesních institutů postupovat v souladu s principem proporcionality a minimalizovat zásahy tak, aby se konkrétní procesní postup nestal vůči jednotlivci nepřiměřeným a v důsledku porušujícím právo na informační autonomii jednotlivce. Pokud správce daně tyto ústavněprávní a vlastně též zákonné mantinely nerespektuje, je ústavní povinností správních soudů, aby jednotlivci poskytly ochranu jeho základnímu právu (čl. 4 Ústavy)" (např. nález sp. zn. II. ÚS 703/06 ze dne 21. 4. 2009 (N 92/53 SbNU 181)].

Daňová kontrola je institutem upraveným v části první zákona o správě daní a poplatků, tedy institutem obecným, který může najít svého uplatnění v různých fázích daňového řízení. Z ustálené rozhodovací praxe soudů přitom plyne, že daňová kontrola není samostatným řízením ani samostatnou fází daňového řízení (např. nález sp. zn. II. ÚS 334/02 ze dne 13. 5. 2003, N 63/30 SbNU 129). Jedná se o úkon správce daně, resp. soubor úkonů, jímž podle § 16 odst. 1 zákona o správě daní a poplatků pracovník správce daně zjišťuje nebo prověřuje daňový základ nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně u daňového subjektu nebo na místě, kde je to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější. Daňová kontrola se provádí v rozsahu nezbytně nutném pro dosažení účelu podle tohoto zákona. Tímto účelem je podle § 2 odst. 2 zákona o správě daní a poplatků stanovení a vybrání daně tak, aby nebyly zkráceny daňové příjmy.

Výklad pojmu daňové kontroly musí být v souladu s obecným významem termínu kontroly. Ten v teorii správního práva označuje postup orgánu veřejné moci, který zjišťuje a eventuálně posuzuje plnění povinností adresáty veřejné správy. Pojmovými znaky takových kontrol bývá možnost zahájení na základě podnětu či ex officio, zákonem upravený postup zahájení, regulace práv a povinností kontrolujících pracovníků i kontrolovaných subjektů, stanovení sankcí pro porušení takových povinností, oprávnění kontrolovaného subjektu podat námitky proti kontrole apod. Podstatným znakem takové kontroly je mj. možnost jejího namátkového provedení, tedy provedení za situace, kdy kontrolující osoba a priori nedisponuje (konkrétním) podezřením, že kontrolovaný subjekt neplní řádně své povinnosti (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 2 Aps 2/2009-52).

Daňová kontrola je tedy institutem s preventivním významem, je nedílnou součástí správy daní, jejímž cílem je na místě ověřit údaje rozhodné pro stanovení daňové povinnosti ve správné výši. Jde o jeden z rozhodujících právních institutů k dosažení cíle řízení a k omezení daňových úniků (viz důvodová zpráva k zákonu o správě daní a poplatků).

Legitimním cílem v případě daňové kontroly prováděné podle § 16 zákona o správě daní a poplatků je veřejný zájem státu na řádném stanovení a výběru daní zakotvený v § 2 odst. 2 zákona o správě daní a poplatků. Omezení osobní sféry jednotlivce při realizaci daňové kontroly správcem daně je nutno posuzovat z hlediska principu přiměřenosti v každém konkrétním případě tak, aby byl vyloučen svévolný postup správce daně (jako např. šikanózní postup zvolený ve věci sp. zn. I. US 1835/07 - viz výše). Za takovýto postup však nelze bez dalšího považovat, s ohledem na účel daňové kontroly, postup, při němž při zahájení či průběhu daňové kontroly neexistuje důvodné podezření řádného neplnění povinností daňového subjektu.