Pro volbu právního modu k uplatnění nároku na náhradu škody je klíčové trvání nouzového krizového stavu vyhlášeného vládou. Nerozhodují pohnutky, proč opatření zpočátku vydávala vláda podle krizového zákona a pak Ministerstvo zdravotnictví dle zákona o ochraně veřejného zdraví.
Ať bylo či nebylo záměrem paralyzovat mechanismus náhrady škody dle § 36 krizového zákona, z jeho dikce vyplývá, že tím, kdo za škodu vzniklou fyzickým a právnickým osobám v příčinné souvislosti s krizovým opatřením odpovídá, je stát. Podle § 36 odst. 4 peněžní náhradu poskytne orgán krizového řízení, který krizové opatření, při němž anebo v jehož důsledku vznikla škoda či újma, nařídil. Odůvodněný nárok na náhradu škody tedy musí postižený uplatnit u příslušného orgánu krizového řízení, kterým kvůli rozštěpu při vydávání mimořádných opatření bude vláda, resp. Úřad vlády ČR plnící podle kompetenčního zákona úkoly spojené se zabezpečením její činnosti, i Ministerstvo zdravotnictví.
Volně stylizovaný, datovaný a podepsaný nárok bude proto namístě adresovat na oba úřady přinejmenším s identifikací, kdo ho uplatňuje, s důvody vzniku nároku a jeho výše a důkazy, které vznik, příčinnou souvislost a výši prokazují. Pokud bude žadatel zastoupen, musí být k žádosti přiložena plná moc. Pouze úplná a srozumitelná žádost umožňuje nárok na náhradu škody přezkoumat a uspokojit. Bude navíc jedním z významných důkazů v eventuálním řízení před civilním soudem, který bude spor řešit podle občanského soudního řádu. U soudu se však, obdobně jako postupem podle zákona č. 82/1998 Sb., lze náhrady škody domáhat teprve tehdy, nebyla-li odmítavým sdělením či nečinností přiznána orgánem krizového řízení.
Podle rozsudku Nejvyššího soudu sp. zn. 25 Cdo 1649/2007 by v soudním sporu o náhradu škody podle krizového zákona mělo za stát vystupovat v občanském soudním řízení Ministerstvo vnitra. Je-li totiž pasivně legitimovaným subjektem stát, který je v soukromoprávních vztazích právnickou osobou, vykonává procesní práva a plní povinnosti prostřednictvím organizační složky dle zákona č. 219/2000 Sb., o majetku České republiky a jejím vystupování v právních vztazích. Za stát vystupuje v řízení ta organizační složka, která je k tomu příslušná, což je povinen soud zjistit a jednat s ní bez ohledu na to, jakou žalobce označil v žalobě. Jestliže krizový zákon takovou organizační složku státu nevymezuje, je třeba jednat s Ministerstvem vnitra, neboť je podle § 12 odst. 1 písm. m) kompetenčního zákona ústředním orgánem státní správy pro vnitřní věci, zejména pro krizové řízení, civilní nouzové plánování, ochranu obyvatelstva a integrovaný záchranný systém.
Nárok se musí podle § 36 odst. 5 krizového zákona u příslušného orgánu krizového řízení uplatnit do 6 měsíců od doby, kdy se poškozený o škodě dozvěděl, nejdéle však do 5 let od vzniku škody. I skutečnosti prokazující dodržení šestiměsíční i pětileté lhůty musí být součástí nároku. Lhůty mají prekluzivní ráz, jejich vzájemný vztah je takový, že běží nezávisle na sobě, a k zániku nároku dochází, jakmile jedna z nich marně uplyne. K tomu soud přihlíží z úřední povinnosti. Šestiměsíční propadná doba má subjektivní charakter, protože se rozběhne, jakmile poškozený získal o škodě povědomost, tj. kdy se prokazatelně dozvěděl, že na jeho úkor ke škodě došlo (nikoliv tedy jen o škodné události). Podle rozsudku Nejvyššího soudu sp. zn. 25 Cdo 3798/2007 se počátek běhu lhůty odvíjí od okamžiku, kdy se poškozený dozvěděl o tom, že mu vznikla majetková újma určitého druhu a rozsahu, kterou je možné objektivně vyjádřit v penězích a důvodně uplatnit u soudu. Není třeba, aby znal rozsah škody přesně např. na základě odborného posudku. Nemusí čekat ani na výsledek jednání či soudního sporu o výplatu pojistného plnění.
Jestliže krizový zákon zná propadné lhůty k uplatnění nároku, opomíjí interval, v jakém je orgán krizového řízení povinen na žádost o přiznání odškodnění zareagovat. Nepřebírá pravidlo zákona č. 82/1998 Sb., že přizná-li příslušný úřad náhradu škody, je třeba ji nahradit do šesti měsíců od uplatnění nároku. Domáhat se náhrady škody u soudu může poškozený pouze tehdy, pokud do šesti měsíců ode dne uplatnění nebyl jeho nárok plně uspokojen.
Předběžné projednání nároku na náhradu škody podle § 14 zákona č. 82/1998 Sb. má neformální povahu, nesvazují ho žádné procesní předpisy ani se nepředpokládá, že by projednávající orgán vydával nějaké rozhodnutí. Jelikož není správním řízením, na které by se vztahovaly zásady správního řádu č. 500/2004 Sb., stěží lze odvozovat, že by procedurální osnova a mezní lhůty ohraničovaly projednávání nároku podle krizového zákona. Byť má předběžné projednávání nároku soukromoprávní ráz a je obligatorním předstupněm civilního řízení o náhradě újmy, naráží nabízející se analogie mezi veřejnoprávními úpravami právě na úskalí v zásadě nepřípustné analogie mezi veřejnoprávními úpravami.
V krizovém zákoně rovněž chybí protějšek § 35 zákona 82/1998 Sb., že promlčecí doba neběží ode dne uplatnění nároku na náhradu škody do skončení předběžného projednání, nejdéle však po dobu 6 měsíců. S nepsanou lhůtou k projednání nároku podle krizového zákona se tedy nevyhnutelně překryje a souběžně poplyne promlčecí lhůta podle § 628 ObčZ, která u práva, které musí být uplatněno nejprve u příslušné osoby, počne běžet již ode dne jeho uplatnění.
Pro výjimky z povinnosti předběžně projednat nárok podle § 14 odst. 3 zákona č. 82/1998 Sb. lze opět sáhnout do judikatury – jen odvážně interpretačně adaptabilní pro krizový zákon. Požadavek na předběžné projednání se jeví nadbytečný, když žalovaná strana dává jasně najevo, že nárok vůbec uspokojit nehodlá nebo kdyby se formalistické zrušení soudního rozhodnutí jen z důvodu nesplnění podmínky řízení příčilo rozumnému smyslu a brzdilo rychlost a hospodárnost řízení.
Z dosavadních prohlášení vládních činitelů nevyplývá, že by k úhradě, resp. přiznání škod panovala kdovíjaká ochota, což je ekonomicky pochopitelné, pokud by suma škodlivých dopadů měla převýšit schopnost státu je nahradit. Nechvalné administrativní reputaci se zase nevzpírá vidina vleklých projednávání, neprotahovaných však z byrokratického naschválu, ale pro vyčerpání úředních sil zahlcených uplatněnými nároky. S jistotou lze v této konstelaci vyloučit, že by stát blahosklonně dopustil dobrodiní moderační ba samaritánské klauzule v § 36 odst. 5 krizového zákona, podle níž orgán krizového řízení smí v případech hodných zvláštního zřetele přiznat náhradu škody i po uplynutí termínu k podání žádosti nebo i bez podání žádosti, ale nejdéle do 5 let od vzniku škody.