11. Ústavní soud z důvodu systematiky nejdříve posuzoval Ústavní konformitu § 1 napadeného zákona.
Obdobnou problematikou se Ústavní soud již dříve zabýval, konkrétně ve věci sp. zn. Pl. ÚS 24/04 [nález ze dne 28.6. 2005 (N 130/37 SbNU 641; 327/2005 Sb.)], ve které bylo napadeno ustanovení § 3a zákona č. 114/1995 Sb., o vnitrozemské plavbě, ve znění pozdějších předpisů, dle kterého platilo: „Rozvoj a modernizace vodní cesty vymezené vodním tokem Labe od říčního km 129,1 (Pardubice), na státní hranici se Spolkovou republikou Německo a vodním tokem Vltava od říčního km 91,5 (Třebenice) včetně plavebního kanálu Vraňany - Hořín po soutok s vodním tokem Labe včetně výústní části vodního toku Berounky po přístav Radotín, je ve veřejném zájmu. „. Ústavní soud citovaným nálezem toto ustanovení zrušil, přičemž mj. konstatoval, že »Prokázání veřejného zájmu je přitom nezbytné v případě vyvlastnění či nuceného omezení vlastnického práva podle čl. 11 odst. 4 Listiny a na ně navazujícího ustanovení § 108 zákona č. 50/1976 Sb., o územním plánování a stavebním řádu (stavební zákon), ve znění pozdějších předpisů. S ohledem na původní znění napadeného ustanovení je rovněž dále vhodné citovat ustanovení § 43 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů: „Výjimky ze zákazu ve zvláště chráněných územích podle § 16, 26, 29, 34, § 35 odst. 2, § 36 odst. 2, § 45h a 45i v případech, kdy veřejný zájem výrazně převažuje nad zájmem ochrany přírody, povoluje v každém jednotlivém případě svým rozhodnutím vláda.“. Napadené ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě tedy vylučuje, aby správní orgán ve správním řízení zjišťoval veřejný zájem na rozvoji a modernizaci předmětné vodní cesty, neboť ten je již určen samotným zákonem. Takovéto řešení, tj. deklarování veřejného zájmu v konkrétně určené věci zákonem, pokládá Ústavní soud za protiústavní ... Veřejný zájem v konkrétní věci je zjišťován v průběhu správního řízení na základě poměřování nejrůznějších partikulárních zájmů, po zvážení všech rozporů a připomínek. Z odůvodnění rozhodnutí, jehož ústředním bodem je otázka existence veřejného zájmu, pak musí zřetelně vyplynout, proč veřejný zájem převážil nad řadou soukromých, partikulárních zájmů. Veřejný zájem je třeba nalézt v procesu rozhodování o určité otázce (typicky např. o vyvlastňování), a nelze jej v konkrétní věci a priori stanovit. Z těchto důvodů je zjišťování veřejného zájmu v konkrétním případě typicky pravomocí moci výkonné, a nikoliv zákonodárné. Z napadeného ustanovení zákona nelze zjistit, z jakých důvodů zákonodárce přiznal rozvoji a modernizaci konkrétně vymezené vodní cesty status veřejného zájmu, zda zjišťoval případné protichůdné zájmy a jak se s jejich existencí vyrovnal. Je ostatně zřejmé, že tyto okolnosti ani zjistit nelze, neboť zákonodárný proces není vybaven prostředky pro posuzování individuálních případů se všemi jejich souvislostmi a důsledky ... Napadeným ustanovením došlo nejen k zásahu moci zákonodárné do moci výkonné, ale bylo jím omezeno rovněž právo na soudní přezkum. Případná správní rozhodnutí (např. o vyvlastnění), učiněná v souvislosti s výstavbou a modernizací předmětné vodní cesty, budou sice přezkoumatelná soudem v rámci správního soudnictví, ale z tohoto přezkumu bude vyloučena otázka existence veřejného zájmu, neboť ten je již stanoven zákonem, kterým jsou obecné soudy podle čl. 95 odst. 1 Ústavy vázány. V případě neexistence napadeného ustanovení by obecné soudy mohly přezkoumávat, zda správní orgány při aplikaci neurčitého právního pojmu „veřejný zájem“ v konkrétní situaci nepřekročily zákonem stanovené meze správního uvážení (srov. § 78 odst. 1 soudního řádu správního); to však napadená právní úprava de facto vylučuje ... Přestože napadeným ustanovením není soudní přezkum zcela vyloučen, je jeho omezení natolik závažné, že závěry vyslovené v citovaném nálezu plně dopadají i na posuzovaný případ. Vzhledem k výše uvedeným argumentům má Ústavní soud za to, že napadené ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě je neslučitelné s principy právního státu, zejména s principem dělby moci, a je v rozporu s čl. 1, čl. 2 odst. 1 a 3, čl. 81 a čl. 90 Ústavy a rovněž čl. 36 Listiny. Z pohledu naznačených Ústavních kautel jeví se proto návrh na zrušení ustanovení § 3a zákona o vnitrozemské plavbě důvodným.«.
12. S ohledem na to, že citovaná argumentace a závěry dopadají obdobně na případ § 1 napadeného zákona, přičemž Ústavní soud neshledal důvod se od nich odchýlit, pro stručnost postačí odkázat na citovaný nález a vyslovit závěr, že § 1 napadeného zákona je neslučitelný s principy právního státu, zejména s principem dělby moci, a je v rozporu s čl. 1, čl. 2 odst. 1 a 3, čl. 81 a 90 Ústavy, jakož i s právem na soudní přezkum podle čl. 36 Listiny. Návrh na jeho zrušení tudíž shledal důvodným.
13. Ústavní soud k tomu podotýká, že Parlament byl při projednávání napadeného zákona upozorňován na jeho protiústavnost. Nález sp. zn. Pl. ÚS 24/04 (viz výše) byl již v době jeho přijímání znám, přičemž už v prvním čtení návrhu napadeného zákona byli na něj poslanci upozorňováni poslancem Jiřím Pospíšilem, který ve druhém čtení reprodukoval obsah citovaného nálezu a uzavřel, že mj. § 1 napadeného zákona je protiústavní. Obdobně vystoupila v rozpravě i poslankyně Eva Dundáčková. Ostatně již vláda ve svém zamítavém stanovisku k návrhu napadeného zákona poukazovala na protiústavnost mj. jeho § 1. S argumenty vedoucími Ústavní soud k přijetí závěru v citovaném nálezu se však nikdo z poslanců v podstatě ani nepokusil relevantně (tj. v ústavněprávní rovině) v rozpravě vypořádat, tedy nelze kupř. usuzovat, že by zde byl jen“ rozdílný argumentačně obhajitelný ústavně-právní názor jakožto důvod neřízení se citovaným nálezem Ústavního soudu.
Senát pak přes vše naznačené k návrhu napadeného zákona nepřijal usnesení, přičemž jeho výbor ústavně-právní i výbor pro hospodářství, zemědělství a dopravu přijaly usnesení, kterými doporučily Senátu zamítnutí návrhu napadeného zákona.
Prezident republiky nevyužil institutu práva vrátit přijaty' zákon Poslanecké sněmovně, jak předvídá čl. 50 odst. 1 Ústavy, a napadený zákon podepsal.
14. Ústavní soud apeluje na zákonodárnou moc, aby se pro futuro důsledněji zabývala Ústavní souladností projednávaných návrhů zákonů, a to zvláště za situace existující judikatury Ústavního soudu, na niž je dokonce v průběhu legislativního procesu upozorňováno.