Rozsudkem Městského soudu v Praze ze dne 23. 4. 2020, sp. zn. 14 A 41/2020, byla zrušena čtyři mimořádná opatření Ministerstva zdravotnictví. Podle soudu nebylo přípustné, aby v době nouzového stavu mohlo v razantní míře a celostátně omezovat základní lidská práva a svobody samo ministerstvo opatřeními podle VeřZdr. S tímto názorem se však neztotožnil kasační rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 2. 2021, č. j. 6 As 114/2020-63.
Rozsudek NSS ze dne 21. 5. 2020, č. j. 5 As 138/2020-80, v souladu se závěry Ústavního soudu uzavřel, že rozhodnutí o nouzovém stavu ani napadená krizová opatření vlády nejsou opatřením obecné povahy, a návrh podle § 101a SŘS tedy musí být odmítnut. Obdobně NSS rozhodl v rozsudku ze dne 16. 6. 2020, č. j. 2 As 141/2020-62, a v rozsudku ze dne 8. 7. 2020, č. j. 10 As 166/2020-53.
Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 6. 2020, č. j. 6 As 88/2020-44, bylo-li mimořádné opatření o zákazu návštěv osob ve zdravotnických zařízeních nahrazeno obsahově obdobným opatřením v časovém intervalu, který reálně znemožňuje soudní přezkum prvního opatření, měl městský soud připustit změnu původního návrhu. Obdobně se vyslovily rozsudky NSS ze dne 18. 9. 2020, č. j. 5 As 191/2020-45, a ze dne 17. 3. 2021, č. j. 5 As 377/2020-42, ohledně nahrazování mimořádných opatření k nošení ochranných prostředků dýchacích cest.
Usnesení Městského soudu v Praze ze dne 16. 6. 2020, č. j. 18 A 16/2020-136, bylo vydáno v řízení o návrhu na zrušení ochranného opatření Ministerstva zdravotnictví omezujícího překračování státních hranic. Vzhledem k tomu, že opatření bylo v průběhu řízení několikrát zrušeno a nahrazeno, se soud nejprve vyslovil k přípustnosti změny návrhu. Nakonec návrh odmítl, jelikož navrhovatelka opatřeními nemohla být dotčena na svých právech.
Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 31. 8. 2020, č. j. 18 A 22/2020-14, zamítl návrh na zrušení mimořádného opatření k nošení ochranných prostředků dýchacích cest. Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 13. 11. 2020, č. j. 18 A 59/2020-226, zrušil obdobné pozdější opatření z důvodu nepřezkoumatelnosti pro nedostatek důvodů. Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 29. 1. 2021, č. j. 9 A 91/2020-826, zamítl návrh na zrušení pozdějšího mimořádného opatření k nošení ochranných prostředků dýchacích cest. Opatření již bylo dostatečně odůvodněné a proporcionální.
Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 25. 1. 2021, č. j. 5 A 126/2020-150, zamítl návrh na zrušení ochranného opatření, které vyžadovalo podstoupení testu po návratu do České republiky. Opatření bylo dostatečně odůvodněné a proporcionální.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 3. 2021, č. j. 7 As 362/2020-62, zrušil usnesení Městského soudu v Praze, které odmítlo návrh na zrušení mimořádného opatření o testování zaměstnanců sociálních služeb. Podle NSS měl městský soud seznámit navrhovatele s vyjádřením odpůrce a umožnit změnu návrhu po nahrazení původního opatření novým.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 3. 2021, č. j. 5 As 160/2020-66, aproboval postup Městského soudu v Praze, který nepřipustil změnu návrhu na zrušení mimořádného opatření k nošení ochranných prostředků dýchacích cest. Druhé napadené opatření totiž v okamžiku uplatnění změny návrhu již také bylo zrušeno a nahrazeno pozdějším opatřením; městský soud tedy návrh odmítl pro neodstranitelný nedostatek podmínek řízení (neexistence platného napadeného OOP). Podle NSS je v rámci dispoziční zásady na navrhovateli, aby byl dostatečně procesně aktivní a tedy uplatnil adekvátní změnu návrhu a navrhl zrušení aktuálně platného a účinného mimořádného opatření.
Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 3. 2021, č. j. 5 As 386/2020-37, byl Městský soud v Praze oprávněn odmítnout návrh na zrušení mimořádného opatření k omezení provozoven a provozů služeb poté, co toto opatření bylo zrušeno a nahrazeno krizovým opatřením vlády.
Po nabytí účinnosti pandemického zákona Nejvyšší správní soud judikoval, že je věcně příslušný pouze k projednání návrhů na zrušení mimořádných opatření vydaných v době pandemické pohotovosti, a to bez ohledu na to, zda bylo napadené mimořádné opatření později změněno. Některé návrhy tedy postoupil Městskému soudu v Praze, a to usneseními čj. 9 Ao 1/2021-49, 7 Ao 2/2021-24, 7 Ao 3/2021-37, 7 Ao 4/2021-57 a 7 Ao 5/2021-39.
Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 31. 3. 2021, č. j. 18 A 16/2021-125, zrušil část ochranného opatření, které podmiňovalo návrat do ČR předchozím negativním testem, jelikož se jednalo o neproporcionální zásah do práva podle čl. 14 odst. 4 LPS.